Predicted ligand sequences (modelled structure)


ADAN-name: SHO1_1QKX-27.PDB (view again the scoring matrix)

Starting poly-Ala ligand sequence and binding properties                 (Help)

position 1 2 3 4 5 6 7 8 9
poly-Ala
A
 G
A
A
A
 A A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 11.242 ΔGbinding -5.564
TOTAL
 5.678
Backbone Hb -1.913 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -1.912 Torsional clash 0.276
Van der Waals -5.076 Backbone clash 0.073
Electrostatics -0.195 Helix dipole 0.000
Solvation Polar 5.245 Water bridges -0.002
Solvation Hyd -6.943 Disulfide 0.000
VdW clashes 1.830 Electrost. Kon -0.229
Entropy sc 1.138 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

2.217

 ΔGstability

58.773
       

Predicted ligand sequences for model [SHO1_1QKX-27.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  SHO1_1QKX-27.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 YGEERDMWP 0.0
2 YGEERDMPP 0.04
3 YGEERDMWW 0.06
4 YGEERDMWH 0.06
5 FGEERDMWP 0.06
6 YPEERDMWP 0.08
7 FGEERDMPP 0.1
8 YGEERDMPW 0.1
9 YGEERDMPH 0.1
10 YNEERDMWP 0.11
11 YPEERDMPP 0.12
12 FGEERDMWH 0.12
13 FGEERDMWW 0.13
14 YGEERPMWP 0.14
15 YPEERDMWH 0.14
16 FPEERDMWP 0.15
17 YNEERDMPP 0.15
18 YPEERDMWW 0.15
19 FGEERDMPH 0.16
20 FGEERDMPW 0.17
21 YNEERDMWH 0.17
22 YGEERPMPP 0.18
23 YNEERDMWW 0.18
24 FNEERDMWP 0.18
25 YPEERDMPW 0.18
26 YPEERDMPH 0.18
27 YGEERDRWP 0.18
28 FPEERDMPP 0.19
29 YGEERPMWH 0.2
30 YGEERPMWW 0.21
31 FPEERDMWW 0.21
32 FPEERDMWH 0.21
33 YNEERDMPH 0.21
34 FGEERPMWP 0.21
35 FNEERDMPP 0.22
36 YNEERDMPW 0.22
37 YGEERDRPP 0.22
38 YGEERDNWP 0.23
39 YPEERPMWP 0.23
40 YGEERPMPH 0.24
41 FNEERDMWH 0.24
42 FNEERDMWW 0.24
43 YGEERDRWH 0.24
44 YGEERDRWW 0.24
45 YGEERPMPW 0.25
46 FPEERDMPW 0.25
47 FPEERDMPH 0.25
48 FGEERDRWP 0.25
49 FGEERPMPP 0.25
50 YNEERPMWP 0.26
51 YPEERPMPP 0.27
52 YGEERDNPP 0.27
53 YPEERDRWP 0.27
54 FGEERPMWW 0.27
55 FGEERPMWH 0.27
56 FNEERDMPH 0.28
57 FNEERDMPW 0.28
58 YGEERDRPW 0.28
59 YGEERDRPH 0.28
60 FGEERDRPP 0.28
61 FPEERPMWP 0.29
62 YGEERDNWH 0.29
63 YPEERPMWH 0.29
64 YPEERPMWW 0.29
65 YNEERDRWP 0.3
66 YNEERPMPP 0.3
67 FGEERDRWH 0.3
68 FGEERDNWP 0.3
69 YPEERDRPP 0.3
70 YGEERDNWW 0.3
71 FGEERPMPW 0.31
72 FGEERPMPH 0.31
73 FGEERDRWW 0.31
74 FNEERPMWP 0.32
75 YPEERDNWP 0.32
76 YNEERPMWH 0.32
77 YNEERPMWW 0.32
78 YPEERDRWH 0.32
79 YPEERPMPH 0.33
80 YPEERPMPW 0.33
81 YGEERDNPH 0.33
82 FPEERPMPP 0.33
83 YGEERFMWP 0.33
84 FPEERDRWP 0.33
85 YPEERDRWW 0.33
86 YNEERDRPP 0.33
87 YGEERPRWP 0.33
88 YGEERDNPW 0.34
89 FGEERDRPH 0.34
90 FGEERDNPP 0.34
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 YGEERDRWP

7.7

-13.64

-5.94
2 FGEERDMPP

8.02

-12.0

-3.98
3 FGEERDMWP

8.58

-12.49

-3.91
4 YGEERPMWW

7.98

-11.71

-3.73
5 YGEERDMWP

8.27

-11.63

-3.36
6 YGEERDMWH

8.7

-11.98

-3.28
7 YGEERPMPP

8.41

-11.47

-3.06
8 YPEERDMPH

9.33

-12.3

-2.97
9 FGEERDMPH

8.88

-11.42

-2.54
10 FGEERDMPW

8.91

-11.44

-2.53
11 YGEERDMPP

7.04

-9.5

-2.46
12 YPEERDMWH

10.09

-12.31

-2.22
13 YGEERDMPH

8.55

-10.75

-2.2
14 YPEERDMWW

8.44

-10.59

-2.15
15 YGEERDMWW

8.74

-10.88

-2.14
16 YPEERDMPP

8.38

-10.51

-2.13
17 FGEERDMWH

9.72

-11.6

-1.88
18 YNEERDMWP

9.65

-11.49

-1.84
19 FNEERDMWP

9.99

-11.81

-1.82
20 YGEERPMWH

8.51

-10.17

-1.66
21 YPEERDMWP

10.07

-11.64

-1.57
22 FPEERDMPP

7.99

-9.52

-1.53
23 FPEERDMWP

8.91

-9.88

-0.97
24 YPEERDMPW

9.29

-10.05

-0.76
25 FGEERDMWW

7.81

-8.46

-0.65
26 YGEERDMPW

8.63

-9.12

-0.49
27 YNEERDMWH

10.44

-10.21

0.23
28 YNEERDMWW

11.26

-11.03

0.23
29 YNEERDMPP

10.09

-9.77

0.32
30 YGEERPMWP

9.32

-8.96

0.36

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER