Predicted ligand sequences (modelled structure)


ADAN-name: LSB1_1CKB-12.PDB (view again the scoring matrix)

Starting poly-Ala ligand sequence and binding properties                 (Help)

position 1 2 3 4 5 6 7 8
poly-Ala
A
 A
A
 A A
A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 3.106 ΔGbinding -0.869
TOTAL
 2.237
Backbone Hb 0.000 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb 0.000 Torsional clash 0.279
Van der Waals -1.521 Backbone clash -0.000
Electrostatics 0.018 Helix dipole 0.000
Solvation Polar 1.464 Water bridges -0.000
Solvation Hyd -2.248 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.003 Electrost. Kon -0.018
Entropy sc 0.125 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

1.027

 ΔGstability

60.423
       

Predicted ligand sequences for model [LSB1_1CKB-12.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  LSB1_1CKB-12.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 RRFRPFWR 0.0
2 RRFRRFWR 0.01
3 FRFRPFWR 0.01
4 YRFRPFWR 0.02
5 FRFRRFWR 0.02
6 YRFRRFWR 0.02
7 RRWRPFWR 0.07
8 FRWRPFWR 0.08
9 YRWRPFWR 0.08
10 RRWRRFWR 0.08
11 FRWRRFWR 0.08
12 YRWRRFWR 0.09
13 REFRPFWR 0.12
14 REFRRFWR 0.13
15 FEFRPFWR 0.13
16 YEFRPFWR 0.14
17 YEFRRFWR 0.14
18 FEFRRFWR 0.14
19 RKFRPFWR 0.16
20 YKFRPFWR 0.17
21 FKFRPFWR 0.17
22 FKFRRFWR 0.17
23 RKFRRFWR 0.17
24 RRFRHFWR 0.17
25 YKFRRFWR 0.18
26 FRFRHFWR 0.18
27 REWRRFWR 0.19
28 REWRPFWR 0.19
29 YRFRHFWR 0.19
30 FEWRRFWR 0.2
31 RRFRPFWK 0.2
32 FEWRPFWR 0.2
33 RRFMPFWR 0.2
34 YEWRPFWR 0.2
35 RRFRRFWK 0.21
36 RRFMRFWR 0.21
37 FRFMPFWR 0.21
38 YEWRRFWR 0.21
39 FRFRPFWK 0.21
40 YRFMPFWR 0.22
41 FRFMRFWR 0.22
42 YRFRPFWK 0.22
43 FRFRRFWK 0.22
44 RKWRPFWR 0.22
45 YRFMRFWR 0.23
46 YRFRRFWK 0.23
47 FKWRPFWR 0.23
48 RKWRRFWR 0.23
49 RRWRHFWR 0.24
50 FKWRRFWR 0.24
51 YKWRPFWR 0.24
52 YKWRRFWR 0.25
53 FRWRHFWR 0.25
54 YRWRHFWR 0.26
55 RRWMPFWR 0.27
56 RRWRPFWK 0.27
57 RRWMRFWR 0.28
58 FRWMPFWR 0.28
59 FRWRPFWK 0.28
60 YRWRPFWK 0.28
61 RRWRRFWK 0.28
62 YRWMRFWR 0.29
63 REFRHFWR 0.29
64 FRWMRFWR 0.29
65 FRWRRFWK 0.29
66 YRWMPFWR 0.29
67 YRWRRFWK 0.29
68 FEFRHFWR 0.3
69 YEFRHFWR 0.31
70 REFRPFWK 0.32
71 REFMPFWR 0.32
72 RKFRHFWR 0.33
73 FEFRPFWK 0.33
74 REFMRFWR 0.33
75 FEFMPFWR 0.33
76 REFRRFWK 0.33
77 FEFMRFWR 0.34
78 YEFRPFWK 0.34
79 FKFRHFWR 0.34
80 FEFRRFWK 0.34
81 YEFRRFWK 0.34
82 YEFMPFWR 0.34
83 YKFRHFWR 0.34
84 YEFMRFWR 0.35
85 RKFMPFWR 0.36
86 REWRHFWR 0.36
87 RKFRPFWK 0.36
88 RKFMRFWR 0.37
89 FKFRPFWK 0.37
90 YEWRHFWR 0.37
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 RKFRPFWR

5.36

-9.93

-4.57
2 REFRRFWR

4.37

-8.23

-3.86
3 FEFRRFWR

3.97

-7.76

-3.79
4 FEFRPFWR

3.79

-7.56

-3.77
5 YRFRPFWR

3.76

-7.44

-3.68
6 RKFRRFWR

4.11

-7.64

-3.53
7 YEFRPFWR

3.79

-7.25

-3.46
8 RRFRPFWR

4.09

-7.51

-3.42
9 RRFRRFWR

4.24

-7.65

-3.41
10 YRFRRFWR

4.34

-7.64

-3.3
11 YEFRRFWR

4.83

-8.07

-3.24
12 FRFRRFWR

4.07

-7.28

-3.21
13 FKFRPFWR

3.87

-7.06

-3.19
14 REFRPFWR

4.32

-7.47

-3.15
15 YKFRRFWR

4.41

-7.54

-3.13
16 YRFRHFWR

4.07

-7.18

-3.11
17 FKFRRFWR

4.96

-7.94

-2.98
18 FRFRPFWR

4.16

-7.12

-2.96
19 RRFRHFWR

4.63

-7.5

-2.87
20 YKFRPFWR

4.12

-6.98

-2.86
21 FRFRHFWR

4.76

-6.92

-2.16
22 FRWRPFWR

4.43

-6.15

-1.72
23 FEWRRFWR

4.75

-6.47

-1.72
24 RRWRPFWR

4.53

-6.22

-1.69
25 YRWRPFWR

4.62

-6.23

-1.61
26 RRWRRFWR

4.77

-6.29

-1.52
27 REWRRFWR

5.04

-6.51

-1.47
28 YRWRRFWR

5.02

-6.29

-1.27
29 FRWRRFWR

5.15

-6.35

-1.2
30 REWRPFWR

4.39

-5.51

-1.12

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER