Predicted ligand sequences (modelled structure)


ADAN-name: BBC1_1ZUK2-15.PDB (view again the scoring matrix)

Starting poly-Ala ligand sequence and binding properties                 (Help)

position 1 2 3 4 5 6 7 8 9
poly-Ala A
A
A
A
 A
A
A
 A A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 1.197 ΔGbinding 0.829
TOTAL
 2.026
Backbone Hb 0.000 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -0.000 Torsional clash 0.255
Van der Waals -3.054 Backbone clash 0.127
Electrostatics 0.699 Helix dipole 0.000
Solvation Polar 3.314 Water bridges -0.079
Solvation Hyd -4.891 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.069 Electrost. Kon 0.891
Entropy sc 0.377 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

3.248

 ΔGstability

15.003
       

Predicted ligand sequences for model [BBC1_1ZUK2-15.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  BBC1_1ZUK2-15.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 WPRIIRRIM 0.0
2 WPRIIRRMM 0.02
3 WPRIIRKIM 0.03
4 WPRIIRRKM 0.04
5 WPRIIRKMM 0.05
6 WPFIIRRIM 0.07
7 MPRIIRRIM 0.07
8 WPRIIRKKM 0.07
9 RPRIIRRIM 0.08
10 WPWIIRRIM 0.09
11 WPFIIRRMM 0.09
12 MPRIIRRMM 0.1
13 RPRIIRRMM 0.1
14 WPFIIRKIM 0.1
15 MPRIIRKIM 0.1
16 WPWIIRRMM 0.11
17 WPFIIRRKM 0.11
18 RPRIIRKIM 0.11
19 WPWIIRKIM 0.11
20 WPFIIRKMM 0.12
21 MPRIIRRKM 0.12
22 RPRIIRRKM 0.12
23 MPRIIRKMM 0.12
24 WPRIIKRIM 0.12
25 RPRIIRKMM 0.13
26 WPWIIRKMM 0.13
27 WPWIIRRKM 0.13
28 MPRIIRKKM 0.14
29 WPRIIKRMM 0.14
30 WPRIIRLIM 0.14
31 WPFIIRKKM 0.14
32 MPFIIRRIM 0.14
33 RPFIIRRIM 0.15
34 RPRIIRKKM 0.15
35 WPWIIRKKM 0.15
36 WPRIIKKIM 0.15
37 MPWIIRRIM 0.16
38 WPRIIKRKM 0.16
39 WPRIVRRIM 0.16
40 WPRIIRLMM 0.16
41 MPFIIRRMM 0.17
42 RPWIIRRIM 0.17
43 WPRIIKKMM 0.17
44 RPFIIRRMM 0.17
45 MPFIIRKIM 0.17
46 MPWIIRRMM 0.18
47 WPRIIRLKM 0.18
48 WPRIVRRMM 0.18
49 MPWIIRKIM 0.18
50 RPFIIRKIM 0.18
51 WPRIVRKIM 0.19
52 MPRIIKRIM 0.19
53 RPWIIRRMM 0.19
54 RPWIIRKIM 0.19
55 WPFIIKRIM 0.19
56 WPRIIKKKM 0.19
57 MPFIIRRKM 0.19
58 MPFIIRKMM 0.19
59 RPFIIRKMM 0.2
60 MPWIIRRKM 0.2
61 RPRIIKRIM 0.2
62 WPRIVRRKM 0.2
63 RPFIIRRKM 0.2
64 MPWIIRKMM 0.21
65 WPRIKRRIM 0.21
66 WPFIIRLIM 0.21
67 WPWIIKRIM 0.21
68 WPRIVRKMM 0.21
69 RPWIIRKMM 0.21
70 RPWIIRRKM 0.21
71 MPFIIRKKM 0.21
72 MPRIIRLIM 0.21
73 WPFIIKRMM 0.21
74 WPWIIRLIM 0.22
75 WPFIIKKIM 0.22
76 RPRIIKRMM 0.22
77 MPRIIKKIM 0.22
78 MPRIIKRMM 0.22
79 RPRIIRLIM 0.22
80 RPFIIRKKM 0.22
81 WPWIIKKIM 0.23
82 MPRIIRLMM 0.23
83 WPFIVRRIM 0.23
84 MPRIVRRIM 0.23
85 WPFIIRLMM 0.23
86 WPRIIRRII 0.23
87 MPWIIRKKM 0.23
88 RPRIIKKIM 0.23
89 WPRIVRKKM 0.23
90 WPWIIKRMM 0.23
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 MPRIIRRKM

2.86

-8.75

-5.89
2 RPRIIRRKM

2.49

-8.13

-5.64
3 MPRIIRRIM

2.72

-8.33

-5.61
4 WPRIIRLIM

2.24

-7.61

-5.37
5 MPRIIRKKM

2.52

-7.88

-5.36
6 WPRIIRRIM

2.21

-7.56

-5.35
7 WPWIIRKMM

2.21

-7.56

-5.35
8 RPRIIRRIM

2.48

-7.8

-5.32
9 RPRIIRRMM

2.55

-7.78

-5.23
10 WPRIIKRMM

2.37

-7.53

-5.16
11 MPRIIRRMM

2.58

-7.72

-5.14
12 MPRIIRKIM

2.49

-7.58

-5.09
13 WPRIIRRMM

2.43

-7.46

-5.03
14 WPRIIRKKM

2.27

-7.29

-5.02
15 WPFIIRRMM

2.46

-7.47

-5.01
16 WPFIIRRKM

2.34

-7.32

-4.98
17 WPFIIRKMM

2.37

-7.34

-4.97
18 WPWIIRRKM

2.65

-7.61

-4.96
19 WPRIIRRKM

2.52

-7.47

-4.95
20 WPRIIRKIM

2.56

-7.48

-4.92
21 WPWIIRRMM

2.48

-7.37

-4.89
22 WPFIIRRIM

2.42

-7.27

-4.85
23 MPRIIRKMM

2.54

-7.31

-4.77
24 WPWIIRKIM

2.65

-7.38

-4.73
25 RPRIIRKMM

2.62

-7.34

-4.72
26 WPRIIKRIM

2.32

-7.03

-4.71
27 WPFIIRKIM

2.51

-7.21

-4.7
28 RPRIIRKIM

2.38

-6.95

-4.57
29 WPWIIRRIM

2.77

-7.24

-4.47
30 WPRIIRKMM

2.56

-6.03

-3.47

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER