Predicted ligand sequences (modelled structure)


ADAN-name: BBC1_1TG0-14.PDB (view again the scoring matrix)

Starting poly-Ala ligand sequence and binding properties                 (Help)

position 1 2 3 4 5 6 7 8 9
poly-Ala A
A
A
 A A
A
A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 0.868 ΔGbinding 0.629
TOTAL
 1.497
Backbone Hb 0.000 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -0.000 Torsional clash 0.141
Van der Waals -3.796 Backbone clash 0.107
Electrostatics 0.585 Helix dipole 0.000
Solvation Polar 4.031 Water bridges -0.028
Solvation Hyd -5.960 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.944 Electrost. Kon 0.780
Entropy sc 0.433 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

3.501

 ΔGstability

12.798
       

Predicted ligand sequences for model [BBC1_1TG0-14.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  BBC1_1TG0-14.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 RPPRIRRKK 0.0
2 RPPRIRKKK 0.07
3 KPPRIRRKK 0.08
4 RPPRKRRKK 0.08
5 RPFRIRRKK 0.1
6 RPPRKRKKK 0.15
7 KPPRIRKKK 0.15
8 KPPRKRRKK 0.16
9 RPFRIRKKK 0.17
10 RPPIIRRKK 0.17
11 RPFRKRRKK 0.18
12 KPFRIRRKK 0.18
13 RPPRIRWKK 0.2
14 RPLRIRRKK 0.23
15 KPPRKRKKK 0.23
16 RPPIIRKKK 0.24
17 RPPRWRRKK 0.24
18 RPPIKRRKK 0.25
19 KPFRIRKKK 0.25
20 RPPKIRRKK 0.25
21 RPFRKRKKK 0.25
22 KPPIIRRKK 0.25
23 KPFRKRRKK 0.26
24 RPFIIRRKK 0.27
25 RPPRKRWKK 0.28
26 KPPRIRWKK 0.28
27 RPLRIRKKK 0.3
28 KPLRIRRKK 0.3
29 RPFRIRWKK 0.31
30 RPLRKRRKK 0.31
31 RPPRWRKKK 0.31
32 RPPIKRKKK 0.32
33 RPPKIRKKK 0.32
34 KPPRWRRKK 0.32
35 KPPIIRKKK 0.32
36 KPPKIRRKK 0.33
37 RPPKKRRKK 0.33
38 KPFRKRKKK 0.33
39 KPPIKRRKK 0.33
40 RPFIIRKKK 0.34
41 RPFRWRRKK 0.34
42 MPPRIRRKK 0.35
43 KPFIIRRKK 0.35
44 RPFKIRRKK 0.35
45 RPFIKRRKK 0.35
46 KPPRKRWKK 0.36
47 RPPIIRWKK 0.38
48 KPFRIRWKK 0.38
49 RPLRKRKKK 0.38
50 KPLRIRKKK 0.38
51 KPLRKRRKK 0.39
52 RPFRKRWKK 0.39
53 KPPRWRKKK 0.39
54 RPLIIRRKK 0.4
55 RPPKKRKKK 0.4
56 KPPIKRKKK 0.4
57 KPPKIRKKK 0.4
58 RPFRWRKKK 0.41
59 KPPKKRRKK 0.41
60 KPFRWRRKK 0.42
61 MPPRIRKKK 0.42
62 RPFIKRKKK 0.42
63 RPPIWRRKK 0.42
64 RPFKIRKKK 0.42
65 KPFIIRKKK 0.42
66 KPFIKRRKK 0.43
67 MPPRKRRKK 0.43
68 RPLRIRWKK 0.43
69 RPFKKRRKK 0.43
70 KPFKIRRKK 0.43
71 MPFRIRRKK 0.45
72 KPPIIRWKK 0.45
73 RPPRWRWKK 0.45
74 RPPIKRWKK 0.46
75 RPPKIRWKK 0.46
76 KPFRKRWKK 0.46
77 KPLRKRKKK 0.46
78 RPLRWRRKK 0.47
79 RPLIIRKKK 0.47
80 RPLKIRRKK 0.48
81 RPFIIRWKK 0.48
82 KPPKKRKKK 0.48
83 KPLIIRRKK 0.48
84 RPLIKRRKK 0.48
85 RPPIWRKKK 0.49
86 KPFRWRKKK 0.49
87 KPPIWRRKK 0.49
88 RPPKWRRKK 0.5
89 KPFIKRKKK 0.5
90 MPPRKRKKK 0.5
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 KPPIIRRKK

2.35

-7.89

-5.54
2 RPPIIRRKK

2.12

-7.63

-5.51
3 RPPIKRRKK

2.17

-7.58

-5.41
4 RPPRIRWKK

2.11

-7.51

-5.4
5 RPFRKRKKK

2.42

-7.63

-5.21
6 RPFRKRRKK

2.29

-7.34

-5.05
7 RPPIIRKKK

2.54

-7.36

-4.82
8 RPPRKRKKK

2.47

-7.28

-4.81
9 RPFIIRRKK

2.47

-7.19

-4.72
10 RPPRKRWKK

2.24

-6.87

-4.63
11 RPLRKRRKK

2.53

-7.12

-4.59
12 KPPRKRKKK

2.38

-6.95

-4.57
13 KPFRKRRKK

2.29

-6.75

-4.46
14 KPPRKRRKK

2.05

-6.49

-4.44
15 RPPRKRRKK

2.35

-6.79

-4.44
16 RPFRIRRKK

3.29

-7.51

-4.22
17 RPPRIRRKK

2.89

-7.02

-4.13
18 KPPRIRWKK

2.02

-6.12

-4.1
19 KPLRIRRKK

2.85

-6.91

-4.06
20 KPPRIRKKK

1.91

-5.95

-4.04
21 RPPRIRKKK

2.5

-6.49

-3.99
22 RPPRWRRKK

3.05

-7.02

-3.97
23 RPLRIRKKK

2.38

-6.34

-3.96
24 RPLRIRRKK

2.21

-6.1

-3.89
25 RPFRIRWKK

3.36

-7.05

-3.69
26 RPPKIRRKK

2.02

-5.49

-3.47
27 RPFRIRKKK

2.9

-6.32

-3.42
28 KPPRIRRKK

2.16

-5.52

-3.36
29 KPFRIRKKK

2.95

-6.02

-3.07
30 KPFRIRRKK

3.53

-6.06

-2.53

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER