Predicted ligand sequences


ADAN-name: 2PLD2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [2PLD.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT D N D y I I P L P D P K
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
poly-Ala A
A
A
y
 A A
A
 A A
A
 A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 15.825 ΔGbinding -4.530
TOTAL
 11.295
Backbone Hb -0.050 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -2.970 Torsional clash 1.250
Van der Waals -12.170 Backbone clash 3.130
Electrostatics -3.060 Helix dipole 0.000
Solvation Polar 13.010 Water bridges -1.860
Solvation Hyd -15.990 Disulfide 0.000
VdW clashes 4.330 Electrost. Kon -3.210
Entropy sc 7.770 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

8.410

 ΔGstability

149.660
       

Predicted ligand sequences for template [2PLD2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  2PLD2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 yyYsVEGyPGyy 0.0
2 yyYsVEGyPGys 0.12
3 yyYsVPGyPGyy 0.13
4 yyYsVMGyPGyy 0.13
5 yyYsVEGyDGyy 0.15
6 yyYsVEGyPGyp 0.18
7 yyYsVEGyPGEy 0.19
8 yyYsIEGyPGyy 0.21
9 yyYsVPGyPGys 0.25
10 yyYsVMGyPGys 0.25
11 syYsVEGyPGyy 0.25
12 yyYsVEGIPGyy 0.27
13 yyYsVEGyPGPy 0.28
14 yyYsVEGyDGys 0.28
15 yyYsVMGyDGyy 0.28
16 yyYsVPGyDGyy 0.28
17 EyYsVEGyPGyy 0.28
18 yyDsVEGyPGyy 0.29
19 yyYsVPGyPGyp 0.31
20 yyYsVMGyPGyp 0.31
21 yyYsVEGyPGEs 0.31
22 yyYsVMGyPGEy 0.32
23 yyYsVPGyPGEy 0.32
24 yyYsIEGyPGys 0.33
25 yyYsVEGyDGyp 0.34
26 yyYsVEGyDGEy 0.34
27 yyYsIMGyPGyy 0.34
28 yyYsIPGyPGyy 0.34
29 yyYsIEGyDGyy 0.36
30 yyYsVEGyPGEp 0.37
31 syYsVEGyPGys 0.37
32 syYsVPGyPGyy 0.38
33 yyYsVEGyGGyy 0.38
34 syYsVMGyPGyy 0.38
35 yyYsVEGFPGyy 0.39
36 yyYsIEGyPGyp 0.39
37 yyYsVEGIPGys 0.39
38 yyYsVEGyPGPs 0.4
39 syYsVEGyDGyy 0.4
40 yyYsVPGIPGyy 0.4
41 yyYsIEGyPGEy 0.4
42 yyYsVMGIPGyy 0.4
43 EyYsVEGyPGys 0.4
44 EyYsVPGyPGyy 0.41
45 yyDsVEGyPGys 0.41
46 yyYsVMGyPGPy 0.41
47 yyYsVPGyPGPy 0.41
48 yyYsVMGyDGys 0.41
49 yyYsVPGyDGys 0.41
50 EyYsVMGyPGyy 0.41
51 yyDsVMGyPGyy 0.42
52 yyYsVEGyPDyy 0.42
53 yyDsVPGyPGyy 0.42
54 yyYsVEGIDGyy 0.42
55 EyYsVEGyDGyy 0.43
56 yyYsVEGyDGPy 0.43
57 syYsVEGyPGyp 0.43
58 syYsVEGyPGEy 0.44
59 yyYsVMGyPGEs 0.44
60 yyYsVPGyPGEs 0.44
61 yyDsVEGyDGyy 0.44
62 syYsIEGyPGyy 0.45
63 yyYsVEGIPGyp 0.45
64 yyYsVEGyPGPp 0.46
65 yyYsIMGyPGys 0.46
66 yyYsIPGyPGys 0.46
67 yyYsVEGIPGEy 0.46
68 EyYsVEGyPGyp 0.46
69 yyYsVMGyDGEy 0.47
70 yyDsVEGyPGyp 0.47
71 yyYsVEGyDGEs 0.47
72 EyYsVEGyPGEy 0.47
73 yyYsVMGyDGyp 0.47
74 yyYsVPGyDGyp 0.47
75 yyYsVPGyDGEy 0.47
76 yyYsIEGIPGyy 0.48
77 yyYsIEGyDGys 0.48
78 yyDsVEGyPGEy 0.48
79 EyYsIEGyPGyy 0.48
80 yyYsMEGyPGyy 0.48
81 yyYsIMGyDGyy 0.49
82 yyDsIEGyPGyy 0.49
83 yyYsIEGyPGPy 0.49
84 yyYsIPGyDGyy 0.49
85 syYsVPGyPGys 0.5
86 yyYsVMGyPGEp 0.5
87 yyYsVEGyGGys 0.5
88 syYsVMGyPGys 0.5
89 yyYsVPGyPGEp 0.5
90 yyYsVMGyGGyy 0.51
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 yyYsVPGyPGys

12.08

-8.74

3.34
2 yyYsVMGyDGyy

13.69

-10.35

3.34
3 yyYsVMGyPGys

13.38

-9.13

4.25
4 yyYsIEGyDGyy

13.76

-9.36

4.4
5 yyYsIPGyPGyy

13.68

-8.45

5.23
6 yyYsIMGyPGyy

14.16

-8.89

5.27
7 yyYsVMGyPGyy

15.86

-10.46

5.4
8 yyYsVEGyDGyy

14.44

-8.81

5.63
9 yyYsVEGIPGyy

13.07

-7.33

5.74
10 yyYsVMGyPGyp

13.82

-7.79

6.03
11 yyYsVEGyPGyy

12.37

-6.27

6.1
12 yyYsVEGyDGys

14.12

-7.94

6.18
13 yyYsVPGyPGyy

13.24

-6.81

6.43
14 yyYsIEGyPGys

12.94

-6.37

6.57
15 yyYsVPGyPGyp

13.06

-6.46

6.6
16 yyDsVEGyPGyy

14.19

-7.3

6.89
17 yyYsVEGyPGys

14.18

-7.17

7.01
18 yyYsVPGyDGyy

14.35

-7.33

7.02
19 syYsVEGyPGyy

12.57

-5.22

7.35
20 yyYsIEGyPGyy

13.82

-6.22

7.6
21 yyYsVPGyPGEy

12.74

-5.05

7.69
22 yyYsVEGyPGEy

13.87

-5.98

7.89
23 yyYsVMGyPGEy

13.92

-5.99

7.93
24 yyYsVEGyPGEs

13.07

-4.97

8.1
25 EyYsVEGyPGyy

14.25

-6.05

8.2
26 yyYsVEGyPGPy

13.3

-5.05

8.25
27 yyYsVEGyDGEy

14.31

-5.14

9.17
28 yyYsVEGyPGyp

17.43

-7.15

10.28
29 yyYsVEGyPGEp

16.96

-5.73

11.23
30 yyYsVEGyDGyp

19.01

-6.13

12.88

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER