Predicted ligand sequences


ADAN-name: 2O022.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [2O02.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT G H G Q G L L D A L D L A S
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14
poly-Ala
G
A
G
A
 G
A
 A A
A
A
A
A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 4.922 ΔGbinding -24.060
TOTAL
 -19.138
Backbone Hb -7.040 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -8.020 Torsional clash 0.120
Van der Waals -15.830 Backbone clash 4.670
Electrostatics -1.660 Helix dipole 0.050
Solvation Polar 20.800 Water bridges -3.180
Solvation Hyd -20.840 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.640 Electrost. Kon -0.810
Entropy sc 7.080 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

4.640

 ΔGstability

-72.220
       

Predicted ligand sequences for template [2O022.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  2O022.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 GNMWYMMMALMLsG 0.0
2 GNMWYMMLALMLsG 0.08
3 GNMWYMLMALMLsG 0.12
4 GNMWYMFMALMLsG 0.15
5 GNMWYMMMAMMLsG 0.16
6 GNMWYMMKALMLsG 0.2
7 GNMWYMLLALMLsG 0.2
8 GNMWLMMMALMLsG 0.2
9 GNMWYMMMALMLsF 0.22
10 GNMWYMFLALMLsG 0.24
11 GNMWYMMLAMMLsG 0.24
12 GNMWYMLMAMMLsG 0.28
13 GNMWLMMLALMLsG 0.28
14 GNMWYMMLALMLsF 0.3
15 GNMWYMFMAMMLsG 0.31
16 GNMWLMLMALMLsG 0.31
17 GNMWYMLKALMLsG 0.32
18 GMMWYMMMALMLsG 0.33
19 GNMWYMLMALMLsF 0.34
20 GNMWLMMMAMMLsG 0.35
21 GNMWLMFMALMLsG 0.35
22 GNMWYMFKALMLsG 0.36
23 GNMWYMLLAMMLsG 0.36
24 GNMWYMMKAMMLsG 0.36
25 GNMWYMFMALMLsF 0.37
26 GNMWYMMMAMMLsF 0.38
27 GNMWRMMMALMLsG 0.39
28 GNMWYMFLAMMLsG 0.39
29 GNMWLMMKALMLsG 0.4
30 GNMWLMLLALMLsG 0.4
31 GMMWYMMLALMLsG 0.41
32 GNMRYMMMALMLsG 0.41
33 GNMWYMMKALMLsF 0.42
34 GNMWYMLLALMLsF 0.42
35 GNMWLMMMALMLsF 0.42
36 GNMWLMFLALMLsG 0.43
37 GNMWLMMLAMMLsG 0.44
38 GNMWYMFLALMLsF 0.45
39 GMMWYMLMALMLsG 0.45
40 GNMWYMMLAMMLsF 0.46
41 GNMWRMMLALMLsG 0.47
42 GNMWLMLMAMMLsG 0.47
43 GMMWYMFMALMLsG 0.48
44 GNMWYMLKAMMLsG 0.48
45 GNMWYMLMAMMLsF 0.49
46 GMMWYMMMAMMLsG 0.49
47 GNMRYMMLALMLsG 0.5
48 GNMWLMMLALMLsF 0.5
49 GNMWRMLMALMLsG 0.51
50 GNMWLMFMAMMLsG 0.51
51 GNMWYMFKAMMLsG 0.52
52 GNMWLMLKALMLsG 0.52
53 GMMWYMMKALMLsG 0.53
54 GMMWLMMMALMLsG 0.53
55 GNMWLMLMALMLsF 0.53
56 GNMWYMFMAMMLsF 0.53
57 GNMRYMLMALMLsG 0.53
58 GMMWYMLLALMLsG 0.53
59 GNMWYMLKALMLsF 0.54
60 GNMWRMFMALMLsG 0.54
61 GNMWLMLLAMMLsG 0.55
62 GMMWYMMMALMLsF 0.55
63 GNMWRMMMAMMLsG 0.55
64 GNMWLMFKALMLsG 0.55
65 GNMWLMMKAMMLsG 0.56
66 GMMWYMFLALMLsG 0.56
67 GNMWLMMMAMMLsF 0.57
68 GMMWYMMLAMMLsG 0.57
69 GNMRYMMMAMMLsG 0.57
70 GNMRYMFMALMLsG 0.57
71 GNMWLMFMALMLsF 0.57
72 GNMWYMFKALMLsF 0.58
73 GNMWYMLLAMMLsF 0.58
74 GNMWYMMKAMMLsF 0.58
75 GNMWRMMKALMLsG 0.59
76 GNMWRMLLALMLsG 0.59
77 GNMWLMFLAMMLsG 0.59
78 GMMWYMLMAMMLsG 0.6
79 GNMRYMLLALMLsG 0.61
80 GNMWRMMMALMLsF 0.61
81 GNMWLMLLALMLsF 0.61
82 GMMWLMMLALMLsG 0.61
83 GNMWYMFLAMMLsF 0.61
84 GNMRLMMMALMLsG 0.61
85 GNMWLMMKALMLsF 0.62
86 GNMRYMMKALMLsG 0.62
87 GMMWYMMLALMLsF 0.63
88 GNMWRMMLAMMLsG 0.63
89 GNMWRMFLALMLsG 0.63
90 GNMRYMMMALMLsF 0.63
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 GNMWLMLMALMLsG

5.72

-35.8

-30.08
2 GNMWYMLLAMMLsG

4.83

-34.17

-29.34
3 GNMWYMMLALMLsG

4.5

-33.31

-28.81
4 GNMWLMLLALMLsG

6.43

-34.75

-28.32
5 GNMWYMLLALMLsG

6.08

-33.8

-27.72
6 GNMWYMLMAMMLsG

6.72

-34.35

-27.63
7 GNMWLMMLALMLsG

6.25

-33.76

-27.51
8 GNMWYMMKAMMLsG

6.97

-34.08

-27.11
9 GNMWYMLMALMLsG

6.04

-33.1

-27.06
10 GNMWYMLKALMLsG

5.79

-32.45

-26.66
11 GNMWYMFKALMLsG

6.97

-33.53

-26.56
12 GNMWLMMKALMLsG

6.39

-32.95

-26.56
13 GNMWYMMMAMMLsG

5.99

-32.05

-26.06
14 GNMWYMMKALMLsG

7.1

-33.1

-26.0
15 GNMWYMMMALMLsG

5.44

-31.43

-25.99
16 GNMWLMMMALMLsG

5.56

-31.38

-25.82
17 GNMWYMMMALMLsF

7.56

-33.37

-25.81
18 GNMWYMFMALMLsG

7.23

-32.88

-25.65
19 GMMWYMMMALMLsG

6.48

-32.05

-25.57
20 GNMWRMMMALMLsG

6.65

-32.2

-25.55
21 GNMWLMMMAMMLsG

6.34

-31.83

-25.49
22 GNMWYMLMALMLsF

8.33

-33.58

-25.25
23 GNMWYMMLAMMLsG

6.85

-32.01

-25.16
24 GNMWLMFMALMLsG

7.28

-31.98

-24.7
25 GNMWYMFMAMMLsG

7.21

-31.88

-24.67
26 GNMWYMMMAMMLsF

9.02

-33.28

-24.26
27 GNMWYMFLALMLsG

7.82

-32.02

-24.2
28 GNMWYMFMALMLsF

8.5

-32.33

-23.83
29 GNMWYMMLALMLsF

8.26

-30.69

-22.43
30 GNMWYMFLAMMLsG

9.47

-31.86

-22.39

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

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