Predicted ligand sequences


ADAN-name: 2FIF2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [2FIF.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT Q K Q I Q E D W E L A E R L Q R E E E E
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
poly-Ala
A
A
A
 A
A
A
A
 A
A
A
A
A
A
A
A
A
 A
A
 A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 0.765 ΔGbinding -23.308
TOTAL
 -22.543
Backbone Hb -3.900 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -4.275 Torsional clash 0.327
Van der Waals -10.793 Backbone clash 0.068
Electrostatics -2.891 Helix dipole 0.013
Solvation Polar 10.731 Water bridges -0.113
Solvation Hyd -17.168 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.400 Electrost. Kon -2.029
Entropy sc 4.040 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

2.351

 ΔGstability

-13.935
       

Predicted ligand sequences for template [2FIF2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  2FIF2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 EDRREMDMDYQWDMFDEEFE 0.0
2 EDRREMDMDYQWDMFDEEFG 0.01
3 EDRREMDFDYQWDMFDEEFE 0.01
4 EDRREMDMDYQWDMFDEEFD 0.02
5 EDRREMDFDYQWDMFDEEFG 0.02
6 EDRREMDMDYQWDMFEEEFE 0.03
7 EDRREMDFDYQWDMFDEEFD 0.03
8 DDRREMDMDYQWDMFDEEFE 0.03
9 EDRREMDMDYQWDMFEEEFG 0.04
10 DDRREMDMDYQWDMFDEEFG 0.04
11 DDRREMDFDYQWDMFDEEFE 0.04
12 EDRREMDFDYQWDMFEEEFE 0.04
13 EDRREMDMDYQWDMFEEEFD 0.05
14 PDRREMDMDYQWDMFDEEFE 0.05
15 DDRREMDMDYQWDMFDEEFD 0.05
16 DDRREMDFDYQWDMFDEEFG 0.05
17 EDRREMDFDYQWDMFEEEFD 0.05
18 EDRREMDFDYQWDMFEEEFG 0.05
19 PDRREMDFDYQWDMFDEEFE 0.06
20 PDRREMDMDYQWDMFDEEFG 0.06
21 DDRREMDFDYQWDMFDEEFD 0.06
22 DDRREMDMDYQWDMFEEEFE 0.06
23 DDRREMDFDYQWDMFEEEFG 0.07
24 DDRREMDFDYQWDMFEEEFE 0.07
25 PDRREMDFDYQWDMFDEEFG 0.07
26 PDRREMDFDYQWDMFDEEFD 0.07
27 EDRREMDFEYQWDMFDEEFE 0.07
28 PDRREMDMDYQWDMFDEEFD 0.07
29 EDRREMDMDYQWDMFTEEFE 0.07
30 EDRREMDMEYQWDMFDEEFE 0.07
31 EDRREMDMEYQWDMFDEEFG 0.07
32 DDRREMDMDYQWDMFEEEFG 0.07
33 DDRREMDFDYQWDMFEEEFD 0.08
34 PDRREMDMDYQWDMFEEEFE 0.08
35 EDRREMDMDYQWDMFTEEFG 0.08
36 EDRREMDMEYQWDMFDEEFD 0.08
37 EDRREMDFDYQWDMFTEEFE 0.08
38 EGRREMDMDYQWDMFDEEFE 0.08
39 ECRREMDMDYQWDMFDEEFE 0.08
40 EDRREMDFEYQWDMFDEEFG 0.08
41 DDRREMDMDYQWDMFEEEFD 0.08
42 PDRREMDFDYQWDMFEEEFE 0.08
43 ECRREMDFDYQWDMFDEEFE 0.09
44 EDRREMDFEYQWDMFDEEFD 0.09
45 PDRREMDMDYQWDMFEEEFG 0.09
46 EDRREMDMDYQWDMFTEEFD 0.09
47 EDRREMDFDYQWDMFTEEFG 0.09
48 EDRREMDMEYQWDMFEEEFE 0.09
49 EGRREMDMDYQWDMFDEEFG 0.09
50 ECRREMDMDYQWDMFDEEFG 0.09
51 EGRREMDFDYQWDMFDEEFE 0.09
52 PDRREMDFDYQWDMFEEEFG 0.09
53 ECRREMDFDYQWDMFDEEFG 0.1
54 EDRREMDFEYQWDMFEEEFE 0.1
55 DDRREMDFEYQWDMFDEEFE 0.1
56 DDRREMDMEYQWDMFDEEFE 0.1
57 PDRREMDMDYQWDMFEEEFD 0.1
58 EDRREMDFDYQWDMFTEEFD 0.1
59 EDRREMDMEYQWDMFEEEFG 0.1
60 EDRREMDMDYQWDMFDEEWE 0.1
61 EGRREMDMDYQWDMFDEEFD 0.1
62 ECRREMDMDYQWDMFDEEFD 0.1
63 PDRREMDFDYQWDMFEEEFD 0.1
64 EGRREMDFDYQWDMFDEEFG 0.1
65 DDRREMDMEYQWDMFDEEFG 0.11
66 ECRREMDFDYQWDMFDEEFD 0.11
67 DDRREMDMDYQWDMFTEEFE 0.11
68 DDRREMDMDYQWDMFTEEFG 0.11
69 EDRREMDFEYQWDMFEEEFG 0.11
70 DDRREMDFEYQWDMFDEEFG 0.11
71 DDRREMDMEYQWDMFDEEFD 0.11
72 PDRREMDMEYQWDMFDEEFE 0.11
73 EDRREMDMEYQWDMFEEEFD 0.11
74 DCRREMDMDYQWDMFDEEFE 0.11
75 EDRREMDMDYQWDMFDEEWG 0.11
76 ECRREMDFDYQWDMFEEEFE 0.11
77 DGRREMDMDYQWDMFDEEFE 0.11
78 EDRREMDFDYQWDMFDEEWE 0.11
79 DDRREMDFDYQWDMFTEEFE 0.11
80 EGRREMDFDYQWDMFEEEFE 0.11
81 EGRREMDFDYQWDMFDEEFD 0.11
82 ECRREMDMDYQWDMFEEEFE 0.11
83 EDRREMDMDYQWEMFDEEFE 0.11
84 EGRREMDMDYQWDMFEEEFE 0.11
85 EDRRDMDFDYQWDMFDEEFE 0.12
86 DDRREMDMDYQWDMFTEEFD 0.12
87 EDRREMDFEYQWDMFEEEFD 0.12
88 DGRREMDFDYQWDMFDEEFE 0.12
89 DDRREMDFEYQWDMFDEEFD 0.12
90 DDRREMDMEYQWDMFEEEFE 0.12
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 EDRREMDFDYQWDMFEEEFG

1.8

-29.43

-27.63
2 EDRREMDMDYQWDMFEEEFE

1.61

-28.86

-27.25
3 EDRREMDMDYQWDMFDEEFE

1.51

-28.52

-27.01
4 DDRREMDMDYQWDMFEEEFE

1.41

-27.69

-26.28
5 EDRREMDFDYQWDMFDEEFG

2.19

-27.29

-25.1
6 DDRREMDMDYQWDMFDEEFG

1.4

-24.44

-23.04
7 EDRREMDMDYQWDMFTEEFE

2.44

-24.84

-22.4
8 PDRREMDMDYQWDMFDEEFD

1.61

-23.77

-22.16
9 EDRREMDMDYQWDMFDEEFD

1.67

-21.64

-19.97
10 DDRREMDMDYQWDMFDEEFD

1.77

-19.28

-17.51
11 EDRREMDMDYQWDMFEEEFD

1.82

-18.69

-16.87
12 EDRREMDMEYQWDMFDEEFE

1.42

-17.62

-16.2
13 PDRREMDFDYQWDMFDEEFG

1.83

-17.95

-16.12
14 DDRREMDMDYQWDMFDEEFE

2.08

-17.51

-15.43
15 PDRREMDMDYQWDMFDEEFG

1.52

-16.94

-15.42
16 EDRREMDFEYQWDMFDEEFE

1.41

-16.32

-14.91
17 EDRREMDFDYQWDMFDEEFD

4.41

-18.52

-14.11
18 DDRREMDFDYQWDMFDEEFD

1.03

-14.87

-13.84
19 PDRREMDFDYQWDMFDEEFD

1.4

-14.55

-13.15
20 DDRREMDFDYQWDMFEEEFE

1.48

-13.89

-12.41
21 EDRREMDFDYQWDMFEEEFE

2.41

-14.69

-12.28
22 EDRREMDMDYQWDMFDEEFG

1.34

-12.29

-10.95
23 EDRREMDFDYQWDMFEEEFD

1.31

-12.09

-10.78
24 DDRREMDFDYQWDMFDEEFE

4.44

-13.8

-9.36
25 DDRREMDFDYQWDMFEEEFG

1.87

-11.18

-9.31
26 EDRREMDMDYQWDMFEEEFG

1.45

-9.8

-8.35
27 PDRREMDMDYQWDMFDEEFE

1.07

-8.49

-7.42
28 DDRREMDFDYQWDMFDEEFG

1.16

-8.18

-7.02
29 EDRREMDFDYQWDMFDEEFE

3.76

-10.72

-6.96
30 PDRREMDFDYQWDMFDEEFE

1.04

-6.08

-5.04

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

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