Predicted ligand sequences


ADAN-name: 2CIA2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [2CIA.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT H I y D E V A A
position 1 2 3 4 5 6 7 8
poly-Ala
A
 A
y
A
 A
A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 0.977 ΔGbinding -16.890
TOTAL
 -15.913
Backbone Hb -4.460 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -7.530 Torsional clash 0.030
Van der Waals -10.870 Backbone clash 0.540
Electrostatics -5.810 Helix dipole -0.060
Solvation Polar 19.290 Water bridges -1.270
Solvation Hyd -11.530 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.350 Electrost. Kon -2.250
Entropy sc 3.780 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

3.450

 ΔGstability

-6.870
       

Predicted ligand sequences for template [2CIA2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  2CIA2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 yDyyDIyG 0.0
2 yDyyDIyA 0.02
3 yDyyDIyW 0.04
4 yDyyDIyy 0.05
5 yDyyDIyY 0.09
6 ysyyDIyG 0.23
7 ysyyDIyA 0.25
8 ysyyDIyW 0.27
9 ysyyDIyy 0.28
10 ysyyDIyY 0.32
11 yDyyEIyG 0.49
12 yDyyEIyA 0.51
13 yDysDIyG 0.51
14 yDyyPIyG 0.52
15 yDyyEIyW 0.53
16 yDysDIyA 0.53
17 yDyyEIyy 0.54
18 yDyyPIyA 0.54
19 yyyyDIyG 0.55
20 yDysDIyW 0.55
21 yDyyPIyW 0.56
22 yDysDIyy 0.56
23 yDyyEIyY 0.57
24 yyyyDIyA 0.57
25 yDyyPIyy 0.58
26 yyyyDIyW 0.59
27 yDysDIyY 0.6
28 yyyyDIyy 0.6
29 yDyyPIyY 0.61
30 yyyyDIyY 0.64
31 ysyyEIyG 0.71
32 ysyyEIyA 0.73
33 ysysDIyG 0.74
34 ysyyEIyW 0.75
35 ysyyPIyG 0.75
36 ysysDIyA 0.76
37 ysyyEIyy 0.77
38 ysyyPIyA 0.77
39 ysysDIyW 0.78
40 ysysDIyy 0.79
41 ysyyPIyW 0.79
42 ysyyEIyY 0.8
43 ysyyPIyy 0.8
44 ysysDIyY 0.83
45 ysyyPIyY 0.84
46 yDysEIyG 1.0
47 yDysEIyA 1.02
48 yDysPIyG 1.03
49 yyyyEIyG 1.04
50 yDysEIyW 1.04
51 yDysEIyy 1.05
52 yDysPIyA 1.05
53 yyyyEIyA 1.06
54 yyysDIyG 1.06
55 yyyyPIyG 1.07
56 yDysPIyW 1.07
57 yyyyEIyW 1.08
58 yyysDIyA 1.08
59 yyyyPIyA 1.09
60 yyyyEIyy 1.09
61 yDysEIyY 1.09
62 yDysPIyy 1.09
63 yyysDIyW 1.1
64 yyyyPIyW 1.11
65 yyysDIyy 1.11
66 yyyyEIyY 1.12
67 yDysPIyY 1.12
68 yyyyPIyy 1.13
69 yyysDIyY 1.15
70 yyyyPIyY 1.16
71 ysysEIyG 1.22
72 ysysEIyA 1.24
73 ysysEIyW 1.26
74 ysysPIyG 1.26
75 ysysEIyy 1.28
76 ysysPIyA 1.28
77 ysysPIyW 1.3
78 ysysEIyY 1.31
79 ysysPIyy 1.31
80 ysysPIyY 1.35
81 yyysEIyG 1.55
82 yyysEIyA 1.57
83 yyysPIyG 1.58
84 yyysEIyW 1.59
85 yyysEIyy 1.6
86 yyysPIyA 1.6
87 yyysPIyW 1.62
88 yyysEIyY 1.64
89 yyysPIyy 1.64
90 yyysPIyY 1.67
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 yDyyDIyG

1.25

-25.29

-24.04
2 yDyyPIyA

1.79

-25.58

-23.79
3 yDyyEIyy

1.45

-25.03

-23.58
4 ysyyDIyY

1.36

-24.71

-23.35
5 yDyyEIyY

1.43

-24.68

-23.25
6 yyyyDIyy

1.64

-24.86

-23.22
7 yyyyDIyG

1.31

-24.5

-23.19
8 yDyyDIyY

1.4

-24.51

-23.11
9 yDyyEIyW

1.43

-24.3

-22.87
10 yDyyDIyW

1.41

-24.25

-22.84
11 yDyyDIyA

1.27

-23.81

-22.54
12 ysyyDIyG

1.19

-23.66

-22.47
13 yDyyPIyY

1.84

-24.31

-22.47
14 yDyyPIyW

2.01

-24.38

-22.37
15 yyyyDIyW

1.31

-23.66

-22.35
16 yDyyPIyy

2.17

-24.46

-22.29
17 yyyyDIyA

1.33

-23.56

-22.23
18 yDyyDIyy

1.33

-23.45

-22.12
19 yDysDIyy

1.7

-23.79

-22.09
20 ysyyDIyA

1.54

-23.38

-21.84
21 ysyyDIyy

1.56

-23.36

-21.8
22 yDyyEIyG

1.26

-22.95

-21.69
23 ysyyDIyW

1.74

-23.39

-21.65
24 yDyyPIyG

1.75

-22.96

-21.21
25 yDysDIyY

1.47

-22.58

-21.11
26 yDysDIyW

1.21

-21.94

-20.73
27 yyyyDIyY

1.57

-22.18

-20.61
28 yDysDIyG

1.56

-21.41

-19.85
29 yDysDIyA

1.42

-20.64

-19.22
30 yDyyEIyA

1.8

-19.86

-18.06

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER