Predicted ligand sequences


ADAN-name: 2CI92.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [2CI9.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT H I y D E V A A D
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9
poly-Ala
A
A
y
A
A
A
 A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 0.885 ΔGbinding -17.090
TOTAL
 -16.205
Backbone Hb -4.510 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -7.470 Torsional clash 0.020
Van der Waals -11.160 Backbone clash 2.110
Electrostatics -6.420 Helix dipole -0.020
Solvation Polar 19.360 Water bridges -0.900
Solvation Hyd -12.050 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.130 Electrost. Kon -2.870
Entropy sc 4.530 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

4.260

 ΔGstability

-8.470
       

Predicted ligand sequences for template [2CI92.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  2CI92.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 yDyyEIWyY 0.0
2 yDyyEIWWY 0.01
3 yDyyEIyyY 0.01
4 yDyyEIyWY 0.02
5 yDyysIWyY 0.03
6 yDyysIyyY 0.04
7 yDyysIWWY 0.04
8 yDyyPIWyY 0.05
9 yDyysIyWY 0.05
10 yDyyEIWRY 0.06
11 yDyyPIWWY 0.06
12 yDyyPIyyY 0.06
13 yDyyPIyWY 0.07
14 yDyyEIyRY 0.07
15 yDyysIWRY 0.09
16 yDyyPIWRY 0.11
17 yDyysIyRY 0.11
18 yDyyPIyRY 0.12
19 yDyDEIWyY 0.18
20 yDyDEIWWY 0.19
21 yDyDEIyyY 0.2
22 yDyDEIyWY 0.21
23 yDyDsIWyY 0.22
24 yDyDsIWWY 0.22
25 yDyDPIWyY 0.23
26 yDyDsIyyY 0.23
27 yDyDsIyWY 0.24
28 yDyDPIWWY 0.24
29 yDyDEIWRY 0.25
30 yDyDPIyyY 0.25
31 yDyDEIyRY 0.26
32 yDyDPIyWY 0.26
33 yDyDsIWRY 0.28
34 yDyDsIyRY 0.29
35 yDyDPIWRY 0.29
36 yDyDPIyRY 0.31
37 yDyyEIWyM 0.35
38 yDyyEIWWM 0.36
39 yDyyEIyyM 0.36
40 ysyyEIWyY 0.36
41 ysyyEIWWY 0.37
42 yDyyEIyWM 0.37
43 yDyysIWyM 0.38
44 ysyyEIyyY 0.38
45 ysyyEIyWY 0.38
46 yDyysIyyM 0.39
47 yDyysIWWM 0.39
48 yDyyEIHyY 0.39
49 ysyysIWyY 0.39
50 yDyyPIWyM 0.4
51 yDyysIyWM 0.4
52 yDyyEIHWY 0.4
53 ysyysIWWY 0.4
54 ysyysIyWY 0.41
55 ysyysIyyY 0.41
56 yDyyEIWRM 0.41
57 ysyyPIWyY 0.41
58 yDyyPIWWM 0.41
59 yDyyPIyyM 0.41
60 ysyyEIWRY 0.42
61 ysyyPIWWY 0.42
62 yDyyPIyWM 0.42
63 yDyyEIyRM 0.42
64 yDyysIHyY 0.42
65 ysyyPIyyY 0.42
66 ysyyPIyWY 0.43
67 yDyysIHWY 0.43
68 ysyyEIyRY 0.44
69 yDyysIWRM 0.44
70 yDyyPIHyY 0.44
71 yDyyEIHRY 0.45
72 ysyysIWRY 0.45
73 yDyyPIHWY 0.45
74 yDyysIyRM 0.45
75 yDyyPIWRM 0.46
76 ysyysIyRY 0.47
77 yDyyPIyRM 0.47
78 ysyyPIWRY 0.47
79 yDyyEVWyY 0.48
80 yDyysIHRY 0.48
81 yDyyEVWWY 0.49
82 ysyyPIyRY 0.49
83 yDyyEVyyY 0.5
84 yDyyPIHRY 0.5
85 yDyyEVyWY 0.51
86 yDyysVWyY 0.52
87 yDyysVWWY 0.52
88 yDyyPVWyY 0.53
89 yDyDEIWyM 0.53
90 yDyysVyyY 0.53
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 yDyDPIWyY

1.3

-24.89

-23.59
2 yDyDsIWyY

1.29

-24.12

-22.83
3 yDyDEIWRY

1.36

-23.69

-22.33
4 yDyyEIWyY

1.44

-23.63

-22.19
5 yDyyEIWRY

1.33

-23.51

-22.18
6 yDyDEIWyY

1.26

-23.27

-22.01
7 yDyysIWyY

1.6

-23.34

-21.74
8 yDyDEIWWY

1.39

-23.1

-21.71
9 yDyDsIyWY

2.13

-23.6

-21.47
10 yDyyEIWWY

1.5

-22.97

-21.47
11 yDyyPIyWY

1.37

-22.83

-21.46
12 yDyysIWWY

2.02

-23.34

-21.32
13 yDyDsIWWY

1.37

-22.64

-21.27
14 yDyDPIyyY

1.28

-22.37

-21.09
15 yDyDEIyWY

1.58

-22.52

-20.94
16 yDyyPIWWY

1.97

-22.89

-20.92
17 yDyDsIyyY

1.38

-22.3

-20.92
18 yDyysIWRY

1.62

-22.49

-20.87
19 yDyyPIyRY

1.46

-22.33

-20.87
20 yDyDPIWWY

1.19

-21.9

-20.71
21 yDyyPIyyY

1.66

-22.24

-20.58
22 yDyyPIWyY

1.33

-21.86

-20.53
23 yDyyPIWRY

1.43

-21.92

-20.49
24 yDyyEIyRY

1.57

-21.85

-20.28
25 yDyysIyyY

1.54

-21.56

-20.02
26 yDyDEIyyY

1.07

-20.92

-19.85
27 yDyysIyWY

2.37

-21.84

-19.47
28 yDyyEIyyY

1.52

-20.99

-19.47
29 yDyysIyRY

1.66

-20.51

-18.85
30 yDyyEIyWY

2.43

-21.16

-18.73

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER