Predicted ligand sequences


ADAN-name: 2BFX2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [2BFX.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT I P A W A S G N L L T Q A I R Q Q Y Y K
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
poly-Ala
A
 A
A
A
A
A
G
A
A
 A
A
A
A
A
 A
A
 A A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 1.374 ΔGbinding -23.591
TOTAL
 -22.217
Backbone Hb -1.275 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -8.375 Torsional clash 0.341
Van der Waals -11.663 Backbone clash 0.271
Electrostatics 0.042 Helix dipole 0.016
Solvation Polar 8.066 Water bridges -0.199
Solvation Hyd -18.128 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.311 Electrost. Kon 0.321
Entropy sc 6.009 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

0.944

 ΔGstability

-52.332
       

Predicted ligand sequences for template [2BFX2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  2BFX2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 yHDWNyEDyLWEDWDEWWyK 0.0
2 yHDWNyEEyLWEDWDEWWyK 0.01
3 yHDWNyEDyLWEDWDEWWys 0.01
4 yHDWNyEDyLWEDWDEWWyE 0.01
5 yHDWNyEEyLWEDWDEWWyE 0.03
6 yHDWNyEEyLWEDWDEWWys 0.03
7 yHDWNyEyyLWEDWDEWWyK 0.04
8 yHDWNyEDyLWEDWDsWWyK 0.04
9 yHDWNyEDyLWEDWDpWWyK 0.04
10 yHDWNyEDyLWEDWDsWWys 0.05
11 yHDWNyEDyLWEDWDsWWyE 0.05
12 yHDWNyEDyLWEDFDEWWyK 0.05
13 yHDWNyEEyLWEDWDsWWyK 0.05
14 yHDWNyEEyLWEDWDpWWyK 0.05
15 yHDWNyEDyLWEDWDpWWys 0.05
16 yHDWNyEDyLWEDWDpWWyE 0.05
17 yHDWNyEDyLWDDWDEWWyK 0.05
18 yHDWNyEyyLWEDWDEWWys 0.06
19 yHDWNyEyyLWEDWDEWWyE 0.06
20 yHDWNyEEyLWEDWDpWWyE 0.06
21 yHDWNyDDyLWEDWDEWWyK 0.06
22 yHDWNyEEyLWEDWDpWWys 0.06
23 yHDWNyEDyLWDDWDEWWyE 0.06
24 yHDWNyEDyLWDDWDEWWys 0.06
25 yHDWNyEEyLWDDWDEWWyK 0.06
26 yHDWNyDEyLWEDWDEWWyK 0.07
27 yHDWNyEDyLWEDFDEWWys 0.07
28 yHDWNyEDyLWEDFDEWWyE 0.07
29 yHDWNyEEyLWEDFDEWWyK 0.07
30 yHDWNyEEyLWEDWDsWWyE 0.07
31 yHDWNyEEyLWEDWDsWWys 0.07
32 yHDWNyDDyLWEDWDEWWyE 0.07
33 yHDWNyDDyLWEDWDEWWys 0.07
34 yHDWNyEEyLWDDWDEWWyE 0.07
35 yHDWNyEEyLWDDWDEWWys 0.07
36 yHDWNysDyLWEDWDEWWyK 0.07
37 yHDWNyDEyLWEDWDEWWyE 0.08
38 yHDWNyEyyLWEDWDsWWyK 0.08
39 yHDWNyEDyLWDDWDpWWyK 0.08
40 yHDWNyDEyLWEDWDEWWys 0.08
41 yHDWNyEEyLWEDFDEWWyE 0.08
42 yHDWNyEEyLWEDFDEWWys 0.08
43 yHDWNyEyyLWEDWDpWWyK 0.08
44 yHDWNyEDyLWEDWDEWYyK 0.09
45 yHDWNysEyLWEDWDEWWyK 0.09
46 yHDWNyEyyLWDDWDEWWyK 0.09
47 yHDWNyDDyLWEDWDpWWyK 0.09
48 yHDWNysDyLWEDWDEWWys 0.09
49 yHDWNyEyyLWEDWDpWWys 0.09
50 yHDWNyEyyLWEDWDpWWyE 0.09
51 yHDWNysDyLWEDWDEWWyE 0.09
52 yHDWNyEDyLWEDFDpWWyK 0.09
53 yHDWNyEDyLWDDWDsWWyK 0.09
54 yHDWNyEDyLWDDFDEWWyK 0.1
55 yHDWNyEDyLWEDFDsWWyK 0.1
56 yHDWNyEEyLWDDWDpWWyK 0.1
57 yHDWNyEyyLWEDWDsWWys 0.1
58 yHDWNyEyyLWEDWDsWWyE 0.1
59 yHDWNyEDyLWEDWDEWYys 0.1
60 yHDWNyEDyLWEDWDEWYyE 0.1
61 yHDWNyDyyLWEDWDEWWyK 0.1
62 yHDWNysEyLWEDWDEWWyE 0.1
63 yHDWNysEyLWEDWDEWWys 0.1
64 yHDWNyEyyLWEDFDEWWyK 0.1
65 yHDWNyEDyLWEDFDpWWys 0.1
66 yHDWNyEDyLWEDFDpWWyE 0.1
67 yHDWNyEDyLWDDWDpWWyE 0.1
68 yHDWNyEDyLWDDWDpWWys 0.1
69 yHDWNyEEyLWEDWDEWYyK 0.1
70 yHDWNyEEyLWDDWDsWWyK 0.1
71 yHDWNyEEyLWEDFDpWWyK 0.1
72 yHDWNyDDyLWEDWDsWWyK 0.1
73 yHDWNyEDyLWDDWDsWWyE 0.1
74 yHDWNyEDyLWDDWDsWWys 0.1
75 yHDWNyDEyLWEDWDpWWyK 0.11
76 yHDWNyEDyLWEDFDsWWyE 0.11
77 yHDWNyEDyLWEDFDsWWys 0.11
78 yHDWNyEEyLWDDWDpWWyE 0.11
79 yHDWNyEEyLWDDWDpWWys 0.11
80 yHDWNyDDyLWEDFDEWWyK 0.11
81 yHDWNyDDyLWDDWDEWWyK 0.11
82 yHDWNyEyyLWDDWDEWWys 0.11
83 yHDWNyEyyLWDDWDEWWyE 0.11
84 yHDWNyEyyLWEDFDEWWys 0.11
85 yHDWNyDDyLWEDWDpWWys 0.11
86 yHDWNyDEyLWEDWDsWWyK 0.11
87 yHDWNyEEyLWEDFDsWWyK 0.11
88 yHDWNyEEyLWDDFDEWWyK 0.11
89 yHDWNyEyyLWEDFDEWWyE 0.11
90 yHDWNyEEyLWDDWDsWWyE 0.11
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 yHDWNyEEyLWEDWDsWWyE

6.38

-33.31

-26.93
2 yHDWNyEEyLWEDWDpWWyE

6.52

-32.43

-25.91
3 yHDWNyEDyLWEDWDsWWyK

6.25

-31.96

-25.71
4 yHDWNyEDyLWEDWDEWWyE

6.99

-32.12

-25.13
5 yHDWNyEEyLWDDWDEWWyK

6.17

-31.01

-24.84
6 yHDWNyEEyLWEDWDpWWyK

9.21

-33.24

-24.03
7 yHDWNyEDyLWEDWDEWWyK

6.83

-30.33

-23.5
8 yHDWNyEDyLWEDWDpWWyK

7.33

-30.74

-23.41
9 yHDWNyEDyLWEDWDpWWys

7.33

-30.22

-22.89
10 yHDWNyEEyLWEDWDEWWys

7.23

-29.99

-22.76
11 yHDWNyEEyLWEDWDEWWyK

7.35

-29.04

-21.69
12 yHDWNyEEyLWEDWDpWWys

7.09

-28.59

-21.5
13 yHDWNyEDyLWEDWDsWWyE

8.75

-29.79

-21.04
14 yHDWNyEDyLWEDWDsWWys

11.3

-32.23

-20.93
15 yHDWNyEDyLWEDFDEWWyE

3.65

-24.29

-20.64
16 yHDWNyEEyLWEDWDsWWyK

8.93

-28.76

-19.83
17 yHDWNyEyyLWEDWDEWWyE

9.73

-29.53

-19.8
18 yHDWNyEEyLWEDFDEWWyK

6.5

-26.27

-19.77
19 yHDWNyDEyLWEDWDEWWyK

6.98

-26.53

-19.55
20 yHDWNyEDyLWEDWDpWWyE

10.63

-30.14

-19.51
21 yHDWNyEDyLWEDFDEWWys

8.06

-26.88

-18.82
22 yHDWNyEyyLWEDWDEWWyK

11.24

-29.24

-18.0
23 yHDWNyEEyLWEDWDEWWyE

8.17

-25.76

-17.59
24 yHDWNyEDyLWDDWDEWWyK

9.89

-27.08

-17.19
25 yHDWNyEDyLWEDWDEWWys

8.22

-24.95

-16.73
26 yHDWNyEDyLWDDWDEWWys

11.92

-28.33

-16.41
27 yHDWNyEDyLWEDFDEWWyK

9.71

-26.1

-16.39
28 yHDWNyEDyLWDDWDEWWyE

10.9

-26.81

-15.91
29 yHDWNyDDyLWEDWDEWWyK

10.15

-25.03

-14.88
30 yHDWNyEyyLWEDWDEWWys

16.59

-26.44

-9.85

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER