Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1YDS2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1YDS.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT T T Y A D F I A S G R T G R R N A I H D
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
poly-Ala
A
A
 A
A
 A
A
A
A
 A
G
 A
A
G
A
A
A
A
 A A A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 5.948 ΔGbinding -30.785
TOTAL
 -24.837
Backbone Hb -5.675 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -9.575 Torsional clash 1.620
Van der Waals -17.684 Backbone clash 0.309
Electrostatics -13.297 Helix dipole 0.169
Solvation Polar 25.616 Water bridges -0.439
Solvation Hyd -21.565 Disulfide 0.000
VdW clashes 1.114 Electrost. Kon -5.929
Entropy sc 8.339 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

6.523

 ΔGstability

-11.223
       

Predicted ligand sequences for template [1YDS2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1YDS2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 DRFyLFWKCRWNRRRRSIWF 0.0
2 DRFyLFWKCRWNRRRRSIWs 0.0
3 DRFDLFWKCRWNRRRRSIWF 0.03
4 DRFDLFWKCRWNRRRRSIWs 0.03
5 DRWyLFWKCRWNRRRRSIWF 0.03
6 DRWyLFWKCRWNRRRRSIWs 0.03
7 sRFyLFWKCRWNRRRRSIWF 0.04
8 sRFyLFWKCRWNRRRRSIWs 0.04
9 DRFyLFWKARWNRRRRSIWF 0.05
10 DRFyLFWKARWNRRRRSIWs 0.05
11 DRFRLFWKCRWNRRRRSIWs 0.05
12 DRFRLFWKCRWNRRRRSIWF 0.05
13 sRWyLFWKCRWNRRRRSIWs 0.06
14 sRWyLFWKCRWNRRRRSIWF 0.06
15 DRFyLFWKCRWNRRRRSIWy 0.06
16 DRWDLFWKCRWNRRRRSIWF 0.06
17 DRWDLFWKCRWNRRRRSIWs 0.06
18 yRFyLFWKCRWNRRRRSIWs 0.07
19 yRFyLFWKCRWNRRRRSIWF 0.07
20 DRWyLFWKARWNRRRRSIWs 0.07
21 sRFDLFWKCRWNRRRRSIWF 0.07
22 sRFDLFWKCRWNRRRRSIWs 0.07
23 DRWRLFWKCRWNRRRRSIWs 0.08
24 DRWRLFWKCRWNRRRRSIWF 0.08
25 sRFyLFWKARWNRRRRSIWF 0.08
26 sRFyLFWKARWNRRRRSIWs 0.08
27 DRWyLFWKARWNRRRRSIWF 0.08
28 DRFDLFWKARWNRRRRSIWs 0.08
29 DRFDLFWKARWNRRRRSIWF 0.08
30 sRFRLFWKCRWNRRRRSIWF 0.08
31 sRFRLFWKCRWNRRRRSIWs 0.08
32 DRFDLFWKCRWNRRRRSIWy 0.09
33 DRWyLFWKCRWNRRRRSIWy 0.09
34 DRFyLFWRCRWNRRRRSIWF 0.1
35 DRFyLFWRCRWNRRRRSIWs 0.1
36 yRWyLFWKCRWNRRRRSIWs 0.1
37 DRFyLFWHCRWNRRRRSIWs 0.1
38 yRWyLFWKCRWNRRRRSIWF 0.1
39 sRWDLFWKCRWNRRRRSIWF 0.1
40 sRWDLFWKCRWNRRRRSIWs 0.1
41 sRFyLFWKCRWNRRRRSIWy 0.1
42 DRFRLFWKARWNRRRRSIWF 0.1
43 DRFRLFWKARWNRRRRSIWs 0.1
44 DRFyLFWHCRWNRRRRSIWF 0.1
45 yRFDLFWKCRWNRRRRSIWs 0.1
46 yRFDLFWKCRWNRRRRSIWF 0.1
47 DRFyLFWKCRHNRRRRSIWs 0.11
48 DRFyLFWKCRHNRRRRSIWF 0.11
49 DRWDLFWKARWNRRRRSIWs 0.11
50 DRWDLFWKARWNRRRRSIWF 0.11
51 DRFyMFWKCRWNRRRRSIWF 0.11
52 DRFyMFWKCRWNRRRRSIWs 0.11
53 DRFyLFWKARWNRRRRSIWy 0.11
54 DRFRLFWKCRWNRRRRSIWy 0.11
55 sRWRLFWKCRWNRRRRSIWs 0.11
56 sRWyLFWKARWNRRRRSIWF 0.11
57 sRWyLFWKARWNRRRRSIWs 0.11
58 sRWRLFWKCRWNRRRRSIWF 0.11
59 sRWyLFWKCRWNRRRRSIWy 0.12
60 DRWyLFWRCRWNRRRRSIWs 0.12
61 DRWyLFWRCRWNRRRRSIWF 0.12
62 sRFDLFWKARWNRRRRSIWs 0.12
63 sRFDLFWKARWNRRRRSIWF 0.12
64 DRWyLFWHCRWNRRRRSIWs 0.12
65 yRFRLFWKCRWNRRRRSIWF 0.12
66 DRWyLFWHCRWNRRRRSIWF 0.12
67 yRFRLFWKCRWNRRRRSIWs 0.12
68 DRWDLFWKCRWNRRRRSIWy 0.12
69 DRWRLFWKARWNRRRRSIWs 0.12
70 DRWRLFWKARWNRRRRSIWF 0.12
71 yRFyLFWKARWNRRRRSIWs 0.12
72 yRFyLFWKARWNRRRRSIWF 0.12
73 DRFDLFWHCRWNRRRRSIWF 0.13
74 DRFDLFWRCRWNRRRRSIWF 0.13
75 sRFRLFWKARWNRRRRSIWF 0.13
76 yRFyLFWKCRWNRRRRSIWy 0.13
77 DRFDLFWHCRWNRRRRSIWs 0.13
78 sRFyLFWRCRWNRRRRSIWF 0.13
79 sRFyLFWRCRWNRRRRSIWs 0.13
80 yRWDLFWKCRWNRRRRSIWs 0.13
81 yRWDLFWKCRWNRRRRSIWF 0.13
82 DRWyLFWKCRHNRRRRSIWF 0.13
83 DRWyLFWKCRHNRRRRSIWs 0.13
84 sRFyLFWHCRWNRRRRSIWF 0.13
85 sRFyLFWHCRWNRRRRSIWs 0.13
86 sRFRLFWKARWNRRRRSIWs 0.13
87 sRFDLFWKCRWNRRRRSIWy 0.13
88 DRFDLFWRCRWNRRRRSIWs 0.13
89 DRFRLFWRCRWNRRRRSIWs 0.14
90 DRFDMFWKCRWNRRRRSIWF 0.14
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 DRFyLFWKCRWNRRRRSIWs

5.12

-45.52

-40.4
2 yRFyLFWKCRWNRRRRSIWF

5.27

-43.33

-38.06
3 sRFyLFWKCRWNRRRRSIWF

5.62

-42.26

-36.64
4 sRWyLFWKCRWNRRRRSIWF

5.58

-41.35

-35.77
5 sRFyLFWKARWNRRRRSIWs

5.68

-41.25

-35.57
6 DRFDLFWKARWNRRRRSIWs

6.35

-41.58

-35.23
7 DRFyLFWKARWNRRRRSIWs

5.75

-40.83

-35.08
8 DRWyLFWKARWNRRRRSIWs

5.36

-40.35

-34.99
9 DRWDLFWKCRWNRRRRSIWs

5.57

-40.44

-34.87
10 sRFyLFWKCRWNRRRRSIWs

6.27

-41.01

-34.74
11 DRFDLFWKARWNRRRRSIWF

5.41

-40.14

-34.73
12 DRWyLFWKCRWNRRRRSIWs

5.43

-40.12

-34.69
13 DRFyLFWKCRWNRRRRSIWF

5.59

-40.11

-34.52
14 DRFyLFWKARWNRRRRSIWF

5.79

-40.17

-34.38
15 DRFDLFWKCRWNRRRRSIWF

5.5

-39.78

-34.28
16 sRWyLFWKCRWNRRRRSIWs

6.17

-40.18

-34.01
17 DRFDLFWKCRWNRRRRSIWs

5.89

-39.57

-33.68
18 DRWRLFWKCRWNRRRRSIWs

5.58

-39.22

-33.64
19 sRFyLFWKARWNRRRRSIWF

5.89

-39.32

-33.43
20 DRWyLFWKARWNRRRRSIWF

4.77

-38.09

-33.32
21 DRFRLFWKCRWNRRRRSIWF

5.86

-39.18

-33.32
22 sRFDLFWKCRWNRRRRSIWs

6.04

-38.93

-32.89
23 DRFRLFWKCRWNRRRRSIWs

6.71

-39.23

-32.52
24 DRFyLFWKCRWNRRRRSIWy

5.99

-38.08

-32.09
25 DRWDLFWKCRWNRRRRSIWF

5.62

-37.53

-31.91
26 DRWyLFWKCRWNRRRRSIWF

6.46

-38.11

-31.65
27 sRFRLFWKCRWNRRRRSIWF

7.03

-38.08

-31.05
28 sRFDLFWKCRWNRRRRSIWF

6.56

-36.46

-29.9
29 DRWRLFWKCRWNRRRRSIWF

7.59

-37.07

-29.48
30 yRFyLFWKCRWNRRRRSIWs

6.19

-32.78

-26.59

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER