Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1V183.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1V18.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT s s L s A L s L D E P F I Q K D V E L R
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
poly-Ala A A
A
A
A
A
A
A
A
A
 A A A A A
A
 A A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 6.450 ΔGbinding -35.759
TOTAL
 -29.309
Backbone Hb -4.825 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -10.225 Torsional clash 4.246
Van der Waals -18.166 Backbone clash 0.810
Electrostatics -12.906 Helix dipole -0.118
Solvation Polar 23.225 Water bridges -0.611
Solvation Hyd -26.310 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.892 Electrost. Kon -6.455
Entropy sc 9.635 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

5.860

 ΔGstability

-112.247
       

Predicted ligand sequences for template [1V183.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1V183.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 EyyDyLELDEMsDsEDPEMy 0.0
2 EDyDyLELDEMsDsEDPEMy 0.01
3 EyyDyLELDEMsDsEDEEMy 0.03
4 EDyDyLELDEMsDsEDEEMy 0.03
5 EyyDyLELDEMsEsEDPEMy 0.08
6 SDyDyLELDEMsDsEDPEMy 0.08
7 SyyDyLELDEMsDsEDPEMy 0.08
8 EDyDyLELDEMsEsEDPEMy 0.09
9 EyyDyLELDEMEDsEDPEMy 0.09
10 EDyDyLELDEMEDsEDPEMy 0.1
11 SDyDyLELDEMsDsEDEEMy 0.11
12 EyyDyLELDEMsEsEDEEMy 0.11
13 EDyDyLELDEMsEsEDEEMy 0.11
14 EyyDyLELDEMsDsEDDEMy 0.11
15 SyyDyLELDEMsDsEDEEMy 0.11
16 EyyDyLELDERsDsEDPEMy 0.12
17 EFyDyLELDEMsDsEDPEMy 0.12
18 EDyDyLELDEMsDsEDDEMy 0.12
19 EyyDyLELDEMEDsEDEEMy 0.12
20 EDyDyLELDEMEDsEDEEMy 0.12
21 EDyDyLELDERsDsEDPEMy 0.12
22 EFyDyLELDEMsDsEDEEMy 0.14
23 EDyDyLELDERsDsEDEEMy 0.15
24 EyyDyLELDERsDsEDEEMy 0.15
25 EyyDyLELDEMsDpEDPEMy 0.16
26 EDyDyLELDEMsDpEDPEMy 0.16
27 SDyDyLELDEMsEsEDPEMy 0.16
28 SyyDyLELDEMsEsEDPEMy 0.16
29 SyyDyLELDEMEDsEDPEMy 0.17
30 EyyDyLELDEMEEsEDPEMy 0.17
31 SDyDyLELDEMEDsEDPEMy 0.17
32 EDyDyLELDEMEEsEDPEMy 0.18
33 SFyDyLELDEMsDsEDPEMy 0.19
34 EyyDyLELDEMsEsEDDEMy 0.19
35 SyyDyLELDEMsEsEDEEMy 0.19
36 SDyDyLELDEMsEsEDEEMy 0.19
37 EDyDyLELDEMsDpEDEEMy 0.19
38 EyyDyLELDEMsDpEDEEMy 0.19
39 SyyDyLELDEMsDsEDDEMy 0.19
40 EDyDyLELDERsEsEDPEMy 0.2
41 SDyDyLELDERsDsEDPEMy 0.2
42 EyyDyLELDERsEsEDPEMy 0.2
43 SyyDyLELDERsDsEDPEMy 0.2
44 EFyDyLELDEMsEsEDPEMy 0.2
45 SDyDyLELDEMEDsEDEEMy 0.2
46 SDyDyLELDEMsDsEDDEMy 0.2
47 EyyDyLELDEMEEsEDEEMy 0.2
48 SyyDyLELDEMEDsEDEEMy 0.2
49 EyyDyLELDEMyDsEDPEMy 0.2
50 EDyDyLELDEMyDsEDPEMy 0.2
51 EDyDyLELDEMsEsEDDEMy 0.2
52 EDyDyLELDEMEEsEDEEMy 0.2
53 EyyDyLELDEMEDsEDDEMy 0.2
54 EFyDyLELDEMEDsEDPEMy 0.21
55 EDyDyLELDEMEDsEDDEMy 0.21
56 EyyDyLELDEREDsEDPEMy 0.21
57 EDyDyLELDEREDsEDPEMy 0.21
58 SFyDyLELDEMsDsEDEEMy 0.22
59 SyyDyLELDERsDsEDEEMy 0.22
60 EFyDyLELDEMsEsEDEEMy 0.22
61 EDyDyLELDEMsDsMDPEMy 0.22
62 EyyDyLELDEMsDsMDPEMy 0.22
63 SDyDyLELDERsDsEDEEMy 0.23
64 EyyDyLELDERsEsEDEEMy 0.23
65 EDyDyLELDERsDsEDDEMy 0.23
66 EFyDyLELDERsDsEDPEMy 0.23
67 EyyDyLELDEMsDsEDPMMy 0.23
68 EFyDyLELDEMsDsEDDEMy 0.23
69 EyyDyLELDEMyDsEDEEMy 0.23
70 DyyDyLELDEMsDsEDPEMy 0.23
71 EFyDyLELDEMEDsEDEEMy 0.23
72 EyyDyLELDERsDsEDDEMy 0.23
73 EDyDyLELDERsEsEDEEMy 0.23
74 EDyDyLELDEMyDsEDEEMy 0.23
75 EDyDyLELDEMsDsEDPMMy 0.23
76 EDyDyLELDEMsIsEDPEMy 0.24
77 EyyDyLELDEMsIsEDPEMy 0.24
78 EyyDyLELDEREDsEDEEMy 0.24
79 SyyDyLELDEMsDpEDPEMy 0.24
80 EyyDyLELDEMsEpEDPEMy 0.24
81 SDyDyLELDEMsDpEDPEMy 0.24
82 EDyDyLELDEMsEpEDPEMy 0.24
83 DDyDyLELDEMsDsEDPEMy 0.24
84 EDyDyLELDEREDsEDEEMy 0.24
85 SyyDyLELDEMEEsEDPEMy 0.25
86 EyyDyLELDEMsDsMDEEMy 0.25
87 EDyDyLELDEMEDpEDPEMy 0.25
88 EyyDyLELDEMsDsEDEMMy 0.25
89 EDyDyLELDEMsDsMDEEMy 0.25
90 EyyDyLELDEMEDpEDPEMy 0.25
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 EyyDyLELDEMsDsEDPEMy

3.71

-43.11

-39.4
2 EyyDyLELDEMsDsEDDEMy

3.45

-41.68

-38.23
3 SyyDyLELDEMEDsEDPEMy

3.44

-41.03

-37.59
4 EyyDyLELDERsDsEDEEMy

3.46

-40.99

-37.53
5 EDyDyLELDERsDsEDPEMy

3.63

-40.78

-37.15
6 EDyDyLELDEMsDsEDDEMy

4.44

-41.57

-37.13
7 EDyDyLELDEMsDpEDPEMy

3.52

-40.25

-36.73
8 SDyDyLELDEMsDsEDPEMy

3.49

-40.12

-36.63
9 EyyDyLELDEMEDsEDPEMy

3.68

-40.28

-36.6
10 EyyDyLELDEMEDsEDEEMy

3.58

-40.02

-36.44
11 SDyDyLELDEMsEsEDPEMy

3.74

-40.14

-36.4
12 EDyDyLELDEMsEsEDPEMy

3.94

-40.11

-36.17
13 SyyDyLELDEMsDsEDPEMy

4.33

-40.37

-36.04
14 SyyDyLELDEMsEsEDPEMy

4.51

-40.54

-36.03
15 SDyDyLELDEMsDsEDEEMy

4.26

-39.99

-35.73
16 EyyDyLELDERsDsEDPEMy

3.87

-39.59

-35.72
17 EDyDyLELDEMsEsEDEEMy

5.36

-41.08

-35.72
18 EFyDyLELDEMsDsEDPEMy

3.71

-39.35

-35.64
19 EyyDyLELDEMsEsEDEEMy

3.81

-39.1

-35.29
20 EDyDyLELDEMsDsEDPEMy

4.09

-39.31

-35.22
21 EyyDyLELDEMEEsEDPEMy

4.67

-39.89

-35.22
22 SyyDyLELDEMsDsEDEEMy

3.83

-39.01

-35.18
23 EDyDyLELDEMsDsEDEEMy

3.79

-38.88

-35.09
24 EyyDyLELDEMsEsEDPEMy

3.67

-38.63

-34.96
25 EDyDyLELDEMEDsEDEEMy

3.48

-38.29

-34.81
26 EDyDyLELDEMEDsEDPEMy

4.49

-39.02

-34.53
27 EyyDyLELDEMsDpEDPEMy

4.17

-38.31

-34.14
28 EFyDyLELDEMsDsEDEEMy

3.95

-38.07

-34.12
29 EDyDyLELDERsDsEDEEMy

4.24

-38.1

-33.86
30 EyyDyLELDEMsDsEDEEMy

3.67

-35.93

-32.26

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER