Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1UN02.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1UN0.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT M N R R K I A M P K R R M A F K
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
poly-Ala
A
A
A
 A
A
A
A
A
A
A
 A A
A
A
A
 A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 14.015 ΔGbinding -28.937
TOTAL
 -14.922
Backbone Hb -12.725 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -16.325 Torsional clash 3.098
Van der Waals -21.384 Backbone clash 20.895
Electrostatics -10.219 Helix dipole -0.188
Solvation Polar 33.474 Water bridges -0.179
Solvation Hyd -24.538 Disulfide 0.000
VdW clashes 4.554 Electrost. Kon -3.227
Entropy sc 10.437 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

8.284

 ΔGstability

-25.983
       

Predicted ligand sequences for template [1UN02.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1UN02.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 MFRRWyyQDNFFEsFD 0.0
2 MFRRWyyQDNYFEsFD 0.03
3 MFRRWyyQDNWFEsFD 0.06
4 MFRRWyyQDNFFEsFY 0.1
5 MFRRWyyQDNFFEsFM 0.1
6 MFRRWyyQDNFFEWFD 0.13
7 MFRRWyyQDNYFEsFY 0.13
8 MFRRWyyQDNYFEsFM 0.13
9 MFRRWyyQDNFFEDFD 0.14
10 MFRRWyyQDNWFEsFM 0.15
11 MFRRWyyQDNWFEsFY 0.16
12 MFRRWyyQDNYFEWFD 0.16
13 MFRRWyyQDNYFEDFD 0.17
14 MFRRWyyQDNWFEWFD 0.18
15 MFRRWyyQDNWFEDFD 0.19
16 MFRRWyyQDNFKEsFD 0.2
17 RFRRWyyQDNFFEsFD 0.22
18 MFRRWyyQDNFFEWFM 0.22
19 MFRRWyyQNNFFEsFD 0.23
20 MFRRWyyQDNFFEWFY 0.23
21 MFRRWyyQDNYKEsFD 0.23
22 MFRRWyyQDNFFEDFM 0.23
23 MFRRWyyQDNFFEDFY 0.24
24 MFRRWyyQDNYFEWFM 0.25
25 RFRRWyyQDNYFEsFD 0.25
26 MFRRWyyQDNYFEWFY 0.26
27 MFRRWyyQDNWKEsFD 0.26
28 MFRRWyyQDNYFEDFM 0.26
29 MFRRWyyQNNYFEsFD 0.26
30 MFRMWyyQDNFFEsFD 0.27
31 MFRRWyyQDNYFEDFY 0.27
32 MFRRWyyQNNWFEsFD 0.28
33 MYRRWyyQDNFFEsFD 0.28
34 RFRRWyyQDNWFEsFD 0.28
35 MFRRWyyQDNWFEWFY 0.28
36 MFRRWyyQDNWFEWFM 0.28
37 MFRRWyyQDNFFEsWD 0.29
38 MFRRWyyQDNWFEDFM 0.29
39 MFRMWyyQDNYFEsFD 0.3
40 MFRRWyyQDNFKEsFY 0.3
41 MFRRWyyQDNFKEsFM 0.3
42 MFRRWyyQDNWFEDFY 0.3
43 MYRRWyyQDNYFEsFD 0.31
44 RFRRWyyQDNFFEsFM 0.32
45 MFRRWyyQDNYFEsWD 0.32
46 RFRRWyyQDNFFEsFY 0.33
47 MFRRWyyQNNFFEsFM 0.33
48 MFRRWyyQNNFFEsFY 0.33
49 MFRRWyyQDNYKEsFM 0.33
50 MYRRWyyQDNWFEsFD 0.33
51 MFRRWyyQDNFKEWFD 0.33
52 MFRMWyyQDNWFEsFD 0.33
53 MFRRWyyQDNFKEDFD 0.34
54 MFRRWyyQDNYKEsFY 0.34
55 MFRRWyyQDNWFEsWD 0.34
56 RFRRWyyQDNYFEsFY 0.35
57 RFRRWyyQDNYFEsFM 0.35
58 MFRRWyyQDNWKEsFM 0.35
59 MFRRWyyQNNYFEsFM 0.35
60 MFRRWyyQNNFFEWFD 0.35
61 RFRRWyyQDNFFEWFD 0.35
62 MFRRWyyQDNFDEsFD 0.36
63 MFRRWyyQDNYKEWFD 0.36
64 RFRRWyyQDNFFEDFD 0.36
65 MFRRWyyQDNWKEsFY 0.36
66 MFRRWyyQNNYFEsFY 0.36
67 MFRRWyyQDNYKEDFD 0.37
68 MFRRWyyQNNFFEDFD 0.37
69 MYRRWyyQDNFFEsFM 0.37
70 RFRRWyyQDNWFEsFM 0.37
71 MFRMWyyQDNFFEsFM 0.37
72 MFRRWyyQNNWFEsFM 0.38
73 MYRRWyyQDNFFEsFY 0.38
74 RFRRWyyQDNWFEsFY 0.38
75 RFRRWyyQDNYFEWFD 0.38
76 MFRMWyyQDNFFEsFY 0.38
77 MFRRWyyQDNWKEWFD 0.38
78 MFRRWyyQNNYFEWFD 0.38
79 RFRRWyyQDNYFEDFD 0.39
80 MFRRWyyQNNWFEsFY 0.39
81 MFRRWyyQDNFFEsWM 0.39
82 MFRRWyyQDNFFEsWY 0.39
83 MFRRWyyQDNYDEsFD 0.39
84 MFRRFyyQDNFFEsFD 0.39
85 MYRRWyyQDNFFEWFD 0.4
86 MFRRWyyQDNWKEDFD 0.4
87 MFRMWyyQDNFFEWFD 0.4
88 MFRMWyyQDNYFEsFM 0.4
89 MYRRWyyQDNYFEsFM 0.4
90 RFRRWyyQDNWFEWFD 0.4
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 MFRRWyyQDNWFEsFY

5.59

-34.59

-29.0
2 MFRRWyyQDNWFEsFD

4.69

-33.42

-28.73
3 MFRRWyyQNNFFEsFD

5.03

-33.03

-28.0
4 MFRRWyyQDNYFEsFY

6.6

-34.52

-27.92
5 MFRRWyyQDNWFEsFM

6.46

-34.28

-27.82
6 MFRRWyyQDNFFEWFY

5.53

-32.56

-27.03
7 MFRRWyyQDNYFEsFD

7.43

-34.34

-26.91
8 MFRRWyyQDNYFEWFD

6.13

-32.64

-26.51
9 MFRRWyyQDNYKEsFD

5.25

-31.74

-26.49
10 MFRRWyyQDNWKEsFD

6.86

-33.34

-26.48
11 MFRRWyyQDNWFEWFD

8.79

-34.85

-26.06
12 MFRRWyyQDNFFEDFY

7.5

-33.51

-26.01
13 RFRRWyyQDNYFEsFD

7.36

-33.16

-25.8
14 MFRRWyyQDNYFEsFM

5.67

-30.89

-25.22
15 MFRRWyyQDNFFEsFY

7.9

-33.05

-25.15
16 MFRRWyyQDNYFEWFY

7.99

-33.01

-25.02
17 MFRRWyyQDNFFEsFD

5.88

-30.66

-24.78
18 MFRRWyyQDNFFEDFM

8.01

-32.56

-24.55
19 MFRRWyyQDNFFEWFM

7.51

-31.8

-24.29
20 MFRRWyyQNNYFEsFD

7.07

-31.32

-24.25
21 RFRRWyyQDNFFEsFD

5.93

-29.87

-23.94
22 MFRMWyyQDNFFEsFD

5.62

-29.24

-23.62
23 MFRRWyyQDNWFEDFD

6.87

-30.41

-23.54
24 MFRRWyyQDNFKEsFD

5.82

-29.19

-23.37
25 MFRRWyyQDNFFEDFD

7.5

-30.83

-23.33
26 MFRRWyyQDNYFEDFD

7.28

-30.41

-23.13
27 MFRRWyyQDNYFEDFM

7.59

-29.71

-22.12
28 MFRRWyyQDNYFEWFM

7.65

-29.51

-21.86
29 MFRRWyyQDNFFEWFD

8.42

-30.15

-21.73
30 MFRRWyyQDNFFEsFM

8.82

-28.59

-19.77

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER