Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1TH15.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1TH1.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT s L D E P F I Q K D V E L R I M P P V Q
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
poly-Ala
A
A
A
 A
A
 A
A
 A
A
A
A
A
 A
A
A
 A A
A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 3.252 ΔGbinding -25.699
TOTAL
 -22.447
Backbone Hb -4.125 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -11.200 Torsional clash 0.863
Van der Waals -14.110 Backbone clash 0.787
Electrostatics -8.983 Helix dipole 0.043
Solvation Polar 21.810 Water bridges -0.426
Solvation Hyd -18.542 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.159 Electrost. Kon -4.224
Entropy sc 8.231 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

4.805

 ΔGstability

-74.162
       

Predicted ligand sequences for template [1TH15.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1TH15.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 sRyEEEDsDDDTEyCssWyR 0.0
2 sRyEEsDsDDDTEyCssWyR 0.0
3 sRyEEEDsDDDTEyDssWyR 0.07
4 sRyEEsDsDDDTEyCDsWyR 0.07
5 sRyEEEDsDDDTEypssWyR 0.07
6 sRyEEsDsDDDTEypssWyR 0.07
7 sRyEEsDsDDDTEyDssWyR 0.07
8 sRyEEEDsDDDTEyCDsWyR 0.07
9 sRyEEDDsDDDTEyCssWyR 0.13
10 sRyEEsDsDDDTEyDDsWyR 0.14
11 sRyEEsDsDDDTEypDsWyR 0.14
12 sRyEEEDsDDDTEyDDsWyR 0.14
13 sRyEEEDsDDDTEypDsWyR 0.14
14 sRyEEEDsDDNTEyCssWyR 0.19
15 sRyEEEDsDDDTEyCspWyR 0.19
16 sRyEEsDsDDDTEyCspWyR 0.19
17 sRyEEsDsDDNTEyCssWyR 0.19
18 sRyEEDDsDDDTEypssWyR 0.2
19 sRyEEDDsDDDTEyCDsWyR 0.2
20 sRyEEDDsDDDTEyDssWyR 0.2
21 sRyEEsDDDDDTEyCssWyR 0.21
22 sRyEEEDDDDDTEyCssWyR 0.21
23 sRyNEEDsDDDTEyCssWyR 0.22
24 sRyNEsDsDDDTEyCssWyR 0.22
25 sRyEEsDsDDDTLyCssWyR 0.24
26 sRyEEEDsDDDTLyCssWyR 0.24
27 sRyEEsDsDDDTEyCsDWyR 0.24
28 sRyEEEDsDDDTEyCsDWyR 0.24
29 sRyEEEDsDDDTMyCssWyR 0.25
30 sRyEEsDsDDDTMyCssWyR 0.25
31 sRyEEEDsDDNTEypssWyR 0.25
32 sRyEEsDsDDNTEyCDsWyR 0.25
33 sRyEEsDsDDNTEypssWyR 0.25
34 sRyEEEDsDDNTEyCDsWyR 0.25
35 sRyEEDDsDDDTEypDsWyR 0.26
36 sRyEEsDEDDDTEyCssWyR 0.26
37 sRyEEsDsDDNTEyDssWyR 0.26
38 sRyEEEDEDDDTEyCssWyR 0.26
39 sRyEEEDsDDNTEyDssWyR 0.26
40 sRyEEEDsDDDTEypspWyR 0.26
41 sRyEEsDsDDDTEyDspWyR 0.26
42 sRyEEsDsDDDTEypspWyR 0.26
43 sRyEEEDsDDDTEyCDpWyR 0.26
44 sRyEEEDsDDDTEyDspWyR 0.26
45 sRyEEsDsDDDTEyCDpWyR 0.26
46 sRyEEDDsDDDTEyDDsWyR 0.27
47 sRyEEsDDDDDTEyDssWyR 0.28
48 sRyEEEDDDDDTEypssWyR 0.28
49 sRyEEEDDDDDTEyDssWyR 0.28
50 sRyEEsDDDDDTEypssWyR 0.28
51 sRyEEEDDDDDTEyCDsWyR 0.28
52 sRyEEsDDDDDTEyCDsWyR 0.28
53 sRyNEsDsDDDTEyDssWyR 0.29
54 sRyNEEDsDDDTEypssWyR 0.29
55 sRyEEEDsDDETEyCssWyR 0.29
56 sRyNEsDsDDDTEyCDsWyR 0.29
57 sRyEEsDsDDETEyCssWyR 0.29
58 sRyNEsDsDDDTEypssWyR 0.29
59 sRyNEEDsDDDTEyDssWyR 0.29
60 sRyNEEDsDDDTEyCDsWyR 0.29
61 sRyMEsDsDDDTEyCssWyR 0.3
62 sRyMEEDsDDDTEyCssWyR 0.3
63 sRyEEsDsDDDTLyCDsWyR 0.31
64 sRyEEEDsDDDTLypssWyR 0.31
65 sRyEEEDsDDDTLyCDsWyR 0.31
66 sRyEEsDsDDDTEypsDWyR 0.31
67 sRyEEEDsDDDTEypsDWyR 0.31
68 sRyEEDDsDDNTEyCssWyR 0.31
69 sRyEEEDsDDDTEyDsDWyR 0.31
70 sRyEEsDsDDDTEyDsDWyR 0.31
71 sRyEEEDsDDDTLyDssWyR 0.31
72 sRyEEsDsDDDTEyCDDWyR 0.31
73 sRyEEsDsDDDTLyDssWyR 0.31
74 sRyEEEDsDDDTEyCDDWyR 0.31
75 sRyEEsDsDDDTLypssWyR 0.31
76 sRyEEsDsDDDTMypssWyR 0.32
77 sRyEEEDsDDDTMyCDsWyR 0.32
78 sRyEEEDsDDNTEypDsWyR 0.32
79 sRyEEEDsDDDTMyDssWyR 0.32
80 sRyEEsDsDDDTMyDssWyR 0.32
81 sRyEEsDsDDNTEypDsWyR 0.32
82 sRyEEEDsDDDTMypssWyR 0.32
83 sRyEEDDsDDDTEyCspWyR 0.32
84 sRyEEsDsDDDTMyCDsWyR 0.32
85 sRyEEsDEDDDTEyCDsWyR 0.33
86 sRyEEEDsDDNTEyDDsWyR 0.33
87 sRyEEEDEDDDTEypssWyR 0.33
88 sRyEEsDsDDDTEyDDpWyR 0.33
89 sRyEEEDsDDDTEypDpWyR 0.33
90 sRyEEsDsDDDTEypDpWyR 0.33
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 sRyEEsDsDDDTEyCsDWyR

3.58

-32.41

-28.83
2 sRyEEDDsDDDTEyCDsWyR

3.39

-32.21

-28.82
3 sRyNEEDsDDDTEyCssWyR

3.3

-31.58

-28.28
4 sRyEEEDsDDDTEyCssWyR

3.48

-31.62

-28.14
5 sRyEEEDsDDDTMyCssWyR

3.39

-31.38

-27.99
6 sRyEEsDsDDDTLyCssWyR

4.62

-32.6

-27.98
7 sRyEEsDDDDDTEyCssWyR

3.26

-31.11

-27.85
8 sRyEEsDsDDDTEypDsWyR

3.23

-29.99

-26.76
9 sRyEEEDsDDDTEyDssWyR

3.94

-30.63

-26.69
10 sRyEEEDsDDDTEyCDsWyR

3.21

-29.86

-26.65
11 sRyEEEDsDDDTEyCspWyR

4.12

-30.38

-26.26
12 sRyEEsDsDDDTEyDssWyR

3.89

-30.1

-26.21
13 sRyEEEDsDDDTEypDsWyR

3.18

-28.93

-25.75
14 sRyEEEDDDDDTEyCssWyR

3.33

-28.8

-25.47
15 sRyEEEDsDDNTEyCssWyR

3.47

-28.53

-25.06
16 sRyEEDDsDDDTEyCssWyR

3.45

-28.37

-24.92
17 sRyEEsDsDDDTMyCssWyR

4.09

-28.88

-24.79
18 sRyEEsDsDDDTEyCDsWyR

3.62

-28.33

-24.71
19 sRyEEsDsDDDTEyCspWyR

3.89

-28.41

-24.52
20 sRyEEEDsDDDTEyCsDWyR

2.03

-26.38

-24.35
21 sRyEEDDsDDDTEyDssWyR

3.61

-27.77

-24.16
22 sRyEEsDsDDDTEyDDsWyR

3.15

-26.58

-23.43
23 sRyEEsDsDDDTEyCssWyR

3.53

-26.88

-23.35
24 sRyEEEDsDDDTEypssWyR

3.76

-27.03

-23.27
25 sRyEEsDsDDDTEypssWyR

3.56

-26.77

-23.21
26 sRyEEEDsDDDTLyCssWyR

3.91

-26.97

-23.06
27 sRyNEsDsDDDTEyCssWyR

2.23

-23.6

-21.37
28 sRyEEEDsDDDTEyDDsWyR

1.99

-23.18

-21.19
29 sRyEEsDsDDNTEyCssWyR

4.19

-24.94

-20.75
30 sRyEEDDsDDDTEypssWyR

3.37

-22.93

-19.56

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER