Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1SMH2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1SMH.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT T T Y A D F I A S G R T G R R N A I H D
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
poly-Ala
A
A
 A
A
 A A
A
A
A
G
A
A
 G
A
A
A
A
 A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 5.063 ΔGbinding -32.013
TOTAL
 -26.950
Backbone Hb -6.100 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -11.587 Torsional clash 1.125
Van der Waals -17.310 Backbone clash 0.603
Electrostatics -13.928 Helix dipole 0.138
Solvation Polar 27.744 Water bridges -0.379
Solvation Hyd -20.647 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.235 Electrost. Kon -5.553
Entropy sc 9.119 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

5.130

 ΔGstability

-65.395
       

Predicted ligand sequences for template [1SMH2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1SMH2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 DRYDWYRRMNRRHRRRRFRR 0.0
2 DRYsWYRRMNRRHRRRRFRR 0.01
3 DRWDWYRRMNRRHRRRRFRR 0.02
4 DRYpWYRRMNRRHRRRRFRR 0.03
5 DRWsWYRRMNRRHRRRRFRR 0.03
6 DRWpWYRRMNRRHRRRRFRR 0.04
7 sRYDWYRRMNRRHRRRRFRR 0.05
8 DRYDWRRRMNRRHRRRRFRR 0.06
9 DRYDWYRHMNRRHRRRRFRR 0.07
10 DRYDWYRKMNRRHRRRRFRR 0.07
11 DRYsWRRRMNRRHRRRRFRR 0.07
12 sRWDWYRRMNRRHRRRRFRR 0.07
13 sRYsWYRRMNRRHRRRRFRR 0.07
14 DRyDWYRRMNRRHRRRRFRR 0.07
15 DRWDWRRRMNRRHRRRRFRR 0.07
16 pRYDWYRRMNRRHRRRRFRR 0.07
17 DRYDWYRRMNRRHRRRRIRR 0.07
18 DRYsWYRKMNRRHRRRRFRR 0.08
19 DRYsWYRHMNRRHRRRRFRR 0.08
20 pRYsWYRRMNRRHRRRRFRR 0.08
21 DRysWYRRMNRRHRRRRFRR 0.08
22 sRWsWYRRMNRRHRRRRFRR 0.08
23 sRYpWYRRMNRRHRRRRFRR 0.08
24 DRWDWYRRMNRRHRRRRIRR 0.08
25 pRWDWYRRMNRRHRRRRFRR 0.08
26 DRYpWRRRMNRRHRRRRFRR 0.08
27 DRYDWYRRMNRRKRRRRFRR 0.08
28 DRYsWYRRMNRRHRRRRIRR 0.08
29 DRYpWYRKMNRRHRRRRFRR 0.09
30 DRWDWYRHMNRRHRRRRFRR 0.09
31 DRWsWYRRMNRRHRRRRIRR 0.09
32 DRYpWYRRMNRRHRRRRIRR 0.09
33 DRWsWRRRMNRRHRRRRFRR 0.09
34 DRypWYRRMNRRHRRRRFRR 0.09
35 DRWDWYRKMNRRHRRRRFRR 0.09
36 pRYpWYRRMNRRHRRRRFRR 0.09
37 pRWsWYRRMNRRHRRRRFRR 0.09
38 DRWsWYRHMNRRHRRRRFRR 0.1
39 DRWpWRRRMNRRHRRRRFRR 0.1
40 DRWDWYRRMNRRKRRRRFRR 0.1
41 sRWpWYRRMNRRHRRRRFRR 0.1
42 DRWsWYRKMNRRHRRRRFRR 0.1
43 DRYsWYRRMNRRKRRRRFRR 0.1
44 DRYpWYRHMNRRHRRRRFRR 0.1
45 DRWpWYRKMNRRHRRRRFRR 0.11
46 DRYDWYRRMNRRHRRRYFRR 0.11
47 DRWsWYRRMNRRKRRRRFRR 0.11
48 pRWpWYRRMNRRHRRRRFRR 0.11
49 DRWpWYRHMNRRHRRRRFRR 0.11
50 sRYDWRRRMNRRHRRRRFRR 0.11
51 DRWpWYRRMNRRHRRRRIRR 0.11
52 DRYpWYRRMNRRKRRRRFRR 0.11
53 sRYDWYRRMNRRHRRRRIRR 0.12
54 sRYDWYRKMNRRHRRRRFRR 0.12
55 pRYDWRRRMNRRHRRRRFRR 0.12
56 sRyDWYRRMNRRHRRRRFRR 0.12
57 DRWDWYRRMNRRHRRRYFRR 0.13
58 sRWDWRRRMNRRHRRRRFRR 0.13
59 sRYDWYRHMNRRHRRRRFRR 0.13
60 sRYsWYRRMNRRHRRRRIRR 0.13
61 DRYDWRRRMNRRHRRRRIRR 0.13
62 DRYDWRRHMNRRHRRRRFRR 0.13
63 DRYsWYRRMNRRHRRRYFRR 0.13
64 DRWpWYRRMNRRKRRRRFRR 0.13
65 pRYDWYRRMNRRHRRRRIRR 0.13
66 pRyDWYRRMNRRHRRRRFRR 0.13
67 pRYDWYRKMNRRHRRRRFRR 0.13
68 sRysWYRRMNRRHRRRRFRR 0.13
69 DRYDWRRKMNRRHRRRRFRR 0.13
70 DRYDWYRRMNRRRRRRRFRR 0.13
71 sRYsWRRRMNRRHRRRRFRR 0.13
72 DRyDWRRRMNRRHRRRRFRR 0.13
73 DRyDWYRRMNRRHRRRRIRR 0.13
74 sRYsWYRKMNRRHRRRRFRR 0.14
75 DRYsWRRHMNRRHRRRRFRR 0.14
76 DRysWRRRMNRRHRRRRFRR 0.14
77 DRYDWYRHMNRRHRRRRIRR 0.14
78 sRWDWYRKMNRRHRRRRFRR 0.14
79 DRWsWYRRMNRRHRRRYFRR 0.14
80 sRYDWYRRMNRRKRRRRFRR 0.14
81 DRYpWYRRMNRRHRRRYFRR 0.14
82 DRYsWRRKMNRRHRRRRFRR 0.14
83 DRWDWRRKMNRRHRRRRFRR 0.14
84 DRyDWYRKMNRRHRRRRFRR 0.14
85 DRWDWRRRMNRRHRRRRIRR 0.14
86 sRYsWYRHMNRRHRRRRFRR 0.14
87 sRWDWYRRMNRRHRRRRIRR 0.14
88 pRYDWYRHMNRRHRRRRFRR 0.14
89 DRYDWYRKMNRRHRRRRIRR 0.14
90 DRyDWYRHMNRRHRRRRFRR 0.14
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 DRYpWYRKMNRRHRRRRFRR

7.09

-40.92

-33.83
2 DRYsWYRHMNRRHRRRRFRR

6.42

-37.97

-31.55
3 DRWsWYRRMNRRHRRRRFRR

6.59

-38.02

-31.43
4 DRWpWYRRMNRRHRRRRFRR

7.33

-38.69

-31.36
5 DRysWYRRMNRRHRRRRFRR

6.32

-37.59

-31.27
6 sRYDWYRRMNRRHRRRRFRR

6.85

-37.14

-30.29
7 DRYDWYRKMNRRHRRRRFRR

6.47

-36.67

-30.2
8 pRWDWYRRMNRRHRRRRFRR

8.19

-38.31

-30.12
9 DRWDWRRRMNRRHRRRRFRR

10.44

-40.03

-29.59
10 DRYDWYRHMNRRHRRRRFRR

6.81

-36.33

-29.52
11 DRYsWYRRMNRRHRRRRIRR

7.3

-36.75

-29.45
12 pRYDWYRRMNRRHRRRRFRR

7.12

-36.53

-29.41
13 DRYpWYRRMNRRHRRRRFRR

7.25

-36.58

-29.33
14 DRyDWYRRMNRRHRRRRFRR

6.35

-35.1

-28.75
15 DRYsWYRRMNRRHRRRRFRR

6.81

-35.1

-28.29
16 sRYsWYRRMNRRHRRRRFRR

7.11

-35.33

-28.22
17 DRWDWYRRMNRRHRRRRIRR

6.33

-33.27

-26.94
18 sRWsWYRRMNRRHRRRRFRR

7.55

-34.38

-26.83
19 sRYpWYRRMNRRHRRRRFRR

10.75

-37.44

-26.69
20 DRWDWYRHMNRRHRRRRFRR

7.09

-33.65

-26.56
21 DRWDWYRRMNRRHRRRRFRR

7.2

-33.65

-26.45
22 DRYDWYRRMNRRKRRRRFRR

7.13

-33.5

-26.37
23 DRYDWYRRMNRRHRRRRIRR

6.58

-32.35

-25.77
24 DRYsWYRKMNRRHRRRRFRR

10.04

-35.73

-25.69
25 DRYDWYRRMNRRHRRRRFRR

9.82

-34.75

-24.93
26 sRWDWYRRMNRRHRRRRFRR

10.23

-33.91

-23.68
27 DRYpWRRRMNRRHRRRRFRR

18.53

-37.11

-18.58
28 DRYDWRRRMNRRHRRRRFRR

18.18

-33.62

-15.44
29 DRYsWRRRMNRRHRRRRFRR

19.93

-34.27

-14.34
30 pRYsWYRRMNRRHRRRRFRR

24.12

-33.88

-9.76

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER