Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1RQQ2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1RQQ.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT I y E T D y y R
position 1 2 3 4 5 6 7 8
poly-Ala A
y
 A
A
A
y
y
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 5.403 ΔGbinding -12.870
TOTAL
 -7.467
Backbone Hb -3.420 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -8.030 Torsional clash 0.250
Van der Waals -6.810 Backbone clash 1.110
Electrostatics -7.040 Helix dipole -0.290
Solvation Polar 15.220 Water bridges -0.800
Solvation Hyd -6.160 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.260 Electrost. Kon -4.250
Entropy sc 4.730 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

3.480

 ΔGstability

22.610
       

Predicted ligand sequences for template [1RQQ2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1RQQ2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 syEGsyyN 0.0
2 pyEGsyyN 0.01
3 syEGsyyM 0.01
4 pyEGsyyM 0.03
5 syEGsyyR 0.03
6 pyEGsyyR 0.04
7 yyEGsyyN 0.11
8 yyEGsyyM 0.12
9 syDGsyyN 0.12
10 pyDGsyyN 0.13
11 syDGsyyM 0.13
12 pyDGsyyM 0.14
13 yyEGsyyR 0.14
14 syDGsyyR 0.15
15 pyDGsyyR 0.16
16 syMGsyyN 0.2
17 syMGsyyM 0.21
18 pyMGsyyN 0.21
19 pyMGsyyM 0.22
20 syMGsyyR 0.23
21 yyDGsyyN 0.23
22 pyMGsyyR 0.24
23 yyDGsyyM 0.24
24 yyDGsyyR 0.26
25 yyMGsyyN 0.31
26 yyMGsyyM 0.32
27 yyMGsyyR 0.34
28 syEEsyyN 0.36
29 syEEsyyM 0.38
30 pyEEsyyN 0.38
31 pyEEsyyM 0.39
32 syEEsyyR 0.4
33 pyEEsyyR 0.41
34 syEGssyN 0.44
35 syEGssyM 0.45
36 pyEGssyN 0.46
37 pyEGssyM 0.47
38 syEGssyR 0.47
39 syDEsyyN 0.48
40 yyEEsyyN 0.48
41 syDEsyyM 0.49
42 pyEGssyR 0.49
43 yyEEsyyM 0.49
44 pyDEsyyN 0.5
45 syDEsyyR 0.51
46 yyEEsyyR 0.51
47 pyDEsyyM 0.51
48 pyDEsyyR 0.53
49 yyEGssyN 0.55
50 syMEsyyN 0.56
51 syDGssyN 0.56
52 yyEGssyM 0.56
53 syMEsyyM 0.57
54 syDGssyM 0.57
55 pyDGssyN 0.57
56 pyMEsyyN 0.58
57 yyEGssyR 0.58
58 pyDGssyM 0.58
59 syMEsyyR 0.59
60 pyMEsyyM 0.59
61 yyDEsyyN 0.59
62 syDGssyR 0.59
63 yyDEsyyM 0.6
64 pyDGssyR 0.6
65 pyMEsyyR 0.61
66 yyDEsyyR 0.62
67 syMGssyN 0.64
68 pyMGssyN 0.65
69 syMGssyM 0.65
70 pyMGssyM 0.66
71 syMGssyR 0.67
72 yyDGssyN 0.67
73 yyMEsyyN 0.67
74 pyMGssyR 0.68
75 yyMEsyyM 0.68
76 yyDGssyM 0.68
77 yyDGssyR 0.7
78 yyMEsyyR 0.7
79 yyMGssyN 0.75
80 yyMGssyM 0.76
81 yyMGssyR 0.78
82 syEEssyN 0.81
83 syEEssyM 0.82
84 pyEEssyN 0.82
85 pyEEssyM 0.83
86 syEEssyR 0.84
87 pyEEssyR 0.85
88 yyEEssyN 0.92
89 syDEssyN 0.92
90 yyEEssyM 0.93
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 syMGsyyM

4.1

-14.39

-10.29
2 pyMGsyyN

3.91

-14.06

-10.15
3 syEEsyyN

4.54

-14.51

-9.97
4 pyEEsyyN

5.25

-14.94

-9.69
5 syEGsyyN

3.59

-13.17

-9.58
6 syEGsyyR

4.33

-13.82

-9.49
7 pyMGsyyR

4.69

-14.18

-9.49
8 syEEsyyM

4.82

-14.3

-9.48
9 syEGsyyM

3.43

-12.85

-9.42
10 yyEGsyyM

4.67

-14.07

-9.4
11 pyEGsyyN

3.91

-13.23

-9.32
12 syDGsyyR

4.77

-13.98

-9.21
13 yyMGsyyM

4.59

-13.74

-9.15
14 pyDGsyyM

4.34

-13.47

-9.13
15 yyEGsyyR

3.98

-12.95

-8.97
16 pyDGsyyR

3.95

-12.91

-8.96
17 syDGsyyM

4.47

-13.31

-8.84
18 pyEGsyyR

4.49

-13.31

-8.82
19 syMGsyyR

5.1

-13.91

-8.81
20 yyDGsyyN

4.67

-13.43

-8.76
21 pyDGsyyN

4.83

-13.51

-8.68
22 syDGsyyN

4.74

-13.31

-8.57
23 pyEGsyyM

4.65

-13.1

-8.45
24 yyMGsyyR

4.01

-12.18

-8.17
25 yyDGsyyR

4.95

-13.11

-8.16
26 yyEGsyyN

4.43

-12.15

-7.72
27 pyMGsyyM

4.65

-12.08

-7.43
28 syMGsyyN

4.73

-12.09

-7.36
29 yyDGsyyM

4.61

-11.72

-7.11
30 yyMGsyyN

4.74

-11.42

-6.68

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER