Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1Q8W2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1Q8W.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT T T Y A D F I A S G R T G R R N A I H D
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
poly-Ala
A
A
A
A
 A
A
A
A
 A
G
A
 A G
A
A
 A A A A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 5.446 ΔGbinding -27.550
TOTAL
 -22.104
Backbone Hb -3.938 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -10.550 Torsional clash 0.962
Van der Waals -15.301 Backbone clash 0.136
Electrostatics -12.467 Helix dipole 0.036
Solvation Polar 23.172 Water bridges -0.694
Solvation Hyd -18.228 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.395 Electrost. Kon -5.609
Entropy sc 9.116 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

5.554

 ΔGstability

-19.874
       

Predicted ligand sequences for template [1Q8W2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1Q8W2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 yyWyYYySTQWDHRRRNWWG 0.0
2 yyWDYYySTQWDHRRRNWWG 0.01
3 yyWyYYySTQWDHRRRNWMG 0.01
4 yyWsYYySTQWDHRRRNWWG 0.01
5 yyWyYYySTQWMHRRRNWWG 0.01
6 yyWyYYySTQWMHRRRNWMG 0.02
7 yyWDYYySTQWDHRRRNWMG 0.02
8 yyWyYYySTQWDHRRRSWWG 0.02
9 yyWsYYySTQWDHRRRNWMG 0.02
10 yyWDYYySTQWMHRRRNWWG 0.03
11 yyWyYYySTQWDHRRRSWMG 0.03
12 yyWsYYySTQWMHRRRNWWG 0.03
13 yyWsYYySTQWMHRRRNWMG 0.04
14 yyWsYYySTQWDHRRRSWWG 0.04
15 yyWDYYySTQWMHRRRNWMG 0.04
16 yyWyYYySTQWMHRRRSWWG 0.04
17 yyWDYYySTQWDHRRRSWWG 0.04
18 yyWDYYySTQWMHRRRSWWG 0.05
19 yyWyYYySTQWDHRRRNWWM 0.05
20 yyWyYYySTQWMHRRRSWMG 0.05
21 yyWDYYySTQWDHRRRSWMG 0.05
22 yyWsYYySTQWMHRRRSWWG 0.05
23 yyWyYYySTQWEHRRRNWWG 0.05
24 yyWsYYySTQWDHRRRSWMG 0.05
25 yyWyYYySTQWDHRRRNLWG 0.06
26 yyWDYYySTQWDHRRRNWWM 0.06
27 yyWDYYySTQWMHRRRSWMG 0.06
28 yyWyYYySTQWEHRRRNWMG 0.06
29 yyWsYYySTQWMHRRRSWMG 0.06
30 yyWsYYySTQWDHRRRNWWM 0.06
31 yyWyYYySTQWMHRRRNWWM 0.06
32 yyWyYYySTQWDHRRRNWMM 0.06
33 yyWyYYySTQWMHRRRNLWG 0.07
34 yyWDYYySTQWDHRRRNLWG 0.07
35 yyWyYYySTQWEHRRRSWWG 0.07
36 yyWDYYySTQWMHRRRNWWM 0.07
37 yyWyYYySTQWDHRRRNLMG 0.07
38 yyWsYYySTQWEHRRRNWMG 0.07
39 yyWDYYySTQWEHRRRNWMG 0.07
40 yyWyYYySTQWMHRRRNWMM 0.07
41 yyWDYYySTQWDHRRRNWMM 0.07
42 yyWDYYySTQWEHRRRNWWG 0.07
43 yyWsYYySTQWEHRRRNWWG 0.07
44 yyWsYYySTQWDHRRRNLWG 0.07
45 yyWyYYySTQWDHRRRSWWM 0.07
46 yyWsYYySTQWMHRRRNWWM 0.07
47 yyWsYYySTQWDHRRRNWMM 0.07
48 yyWyYYySTQWMHRRRSWWM 0.08
49 yyWyYYySTQWDHRRRSLWG 0.08
50 yyWsYYySTQWDHRRRNLMG 0.08
51 yyWyYYySTQWDGRRRNWMG 0.08
52 yyWsYYySTQWMHRRRNWMM 0.08
53 yyWDYYySTQWDHRRRNLMG 0.08
54 yyWyYYySTQWMHRRRNLMG 0.08
55 yyWDYYySTQWMHRRRNWMM 0.08
56 yyWyYYySTQWEHRRRSWMG 0.08
57 yyWyYYySTQWDHRRRSWMM 0.08
58 yyWsYYySTQWDHRRRSWWM 0.08
59 yyWDYYySTQWDHRRRSWWM 0.08
60 yyWyYYySTQWDGRRRNWWG 0.08
61 yyWsYYySTQWEHRRRSWWG 0.09
62 yyWDYYySTQWEHRRRSWWG 0.09
63 yyWsYYySTQWMHRRRNLWG 0.09
64 yyWyYYySTQWMHRRRSWMM 0.09
65 yyWDYYySTQWDHRRRSWMM 0.09
66 yyWsYYySTQWDGRRRNWWG 0.09
67 yyWyYYySTQWDHRRRNIMG 0.09
68 yyWDYYySTQWDGRRRNWWG 0.09
69 yyWyYYySTQWDHRRRSLMG 0.09
70 yyWsYYySTQWDHRRRSWMM 0.09
71 yyWDYYySTQWMHRRRNLWG 0.09
72 yyWyYYySTQWMGRRRNWWG 0.09
73 yyWyYYySTQWDHRRRNIWG 0.09
74 yyWDYYySTQWDHRRRNIWG 0.1
75 yyWDYYySTQWMHRRRSWWM 0.1
76 yyWsYYySTQWDGRRRNWMG 0.1
77 yyWyYYESTQWDHRRRNWWG 0.1
78 yyWyYYySTQWDGRRRSWWG 0.1
79 yyWyYYySTQWMGRRRNWMG 0.1
80 yyWDYYySTQWDHRRRSLWG 0.1
81 yyWsYYySTQWDHRRRSLWG 0.1
82 yyWyYYySTQWMHRRRNIWG 0.1
83 yyWsYYySTQWMHRRRSWWM 0.1
84 yyWyYYySTQWEHRRRNWWM 0.1
85 yyWDYYySTQWEHRRRSWMG 0.1
86 yyWDYYySTQWMHRRRNLMG 0.1
87 yyWsYYySTQWDHRRRNIWG 0.1
88 yyWsYYySTQWMHRRRNLMG 0.1
89 yyWyYYySTQWMHRRRSLWG 0.1
90 yyWDYYySTQWDGRRRNWMG 0.1
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 yyWsYYySTQWDHRRRNWMG

3.09

-38.76

-35.67
2 yyWDYYySTQWDHRRRNWWG

2.98

-36.77

-33.79
3 yyWDYYySTQWDHRRRSWMG

2.74

-35.82

-33.08
4 yyWyYYySTQWDHRRRSWMG

3.17

-35.9

-32.73
5 yyWsYYySTQWMHRRRNWWG

2.89

-35.05

-32.16
6 yyWyYYySTQWDHRRRNWMG

4.07

-36.01

-31.94
7 yyWyYYySTQWDHRRRNWWG

4.41

-36.21

-31.8
8 yyWsYYySTQWDHRRRNWWM

4.57

-36.37

-31.8
9 yyWsYYySTQWMHRRRNWMG

3.2

-34.89

-31.69
10 yyWsYYySTQWDHRRRSWMG

3.05

-34.61

-31.56
11 yyWyYYySTQWMHRRRNWWG

3.4

-34.51

-31.11
12 yyWyYYySTQWEHRRRNWMG

3.38

-34.38

-31.0
13 yyWyYYySTQWEHRRRNWWG

3.47

-34.17

-30.7
14 yyWsYYySTQWDHRRRSWWG

3.12

-33.78

-30.66
15 yyWyYYySTQWDHRRRNLWG

3.69

-34.0

-30.31
16 yyWDYYySTQWMHRRRNWWG

3.63

-33.54

-29.91
17 yyWDYYySTQWMHRRRSWMG

2.97

-32.87

-29.9
18 yyWDYYySTQWMHRRRSWWG

3.36

-33.12

-29.76
19 yyWsYYySTQWDHRRRNWWG

3.98

-33.48

-29.5
20 yyWyYYySTQWMHRRRNWMG

3.13

-32.37

-29.24
21 yyWsYYySTQWMHRRRSWWG

3.79

-32.8

-29.01
22 yyWyYYySTQWDHRRRNWWM

4.56

-33.49

-28.93
23 yyWyYYySTQWDHRRRSWWG

3.93

-31.98

-28.05
24 yyWDYYySTQWMHRRRNWMG

4.08

-31.95

-27.87
25 yyWDYYySTQWDHRRRNWWM

5.63

-33.41

-27.78
26 yyWDYYySTQWDHRRRSWWG

3.23

-30.73

-27.5
27 yyWyYYySTQWMHRRRSWMG

3.91

-30.29

-26.38
28 yyWyYYySTQWMHRRRSWWG

4.43

-30.09

-25.66
29 yyWsYYySTQWMHRRRSWMG

4.24

-29.15

-24.91
30 yyWDYYySTQWDHRRRNWMG

6.52

-30.67

-24.15

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER