Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1Q8U2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1Q8U.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT T T Y A D F I A S G R T G R R N A I H D
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
poly-Ala
A
A
A
A
 A
A
A
A
 A G A A
G
A
A
A
A
 A
A
 A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 4.352 ΔGbinding -31.768
TOTAL
 -27.416
Backbone Hb -6.563 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -10.737 Torsional clash 0.747
Van der Waals -17.937 Backbone clash 0.436
Electrostatics -12.130 Helix dipole 0.087
Solvation Polar 28.247 Water bridges -0.286
Solvation Hyd -21.900 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.448 Electrost. Kon -5.161
Entropy sc 7.156 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

6.262

 ΔGstability

-47.746
       

Predicted ligand sequences for template [1Q8U2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1Q8U2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 ERQyFWYRySRMRRRRWFWF 0.0
2 ERQyFWYRySRLRRRRWFWF 0.04
3 ERQyFWYKySRMRRRRWFWF 0.05
4 DRQyFWYRySRMRRRRWFWF 0.05
5 ERQyFWYHySRMRRRRWFWF 0.06
6 sRQyFWYRySRMRRRRWFWF 0.07
7 ERQpFWYRySRMRRRRWFWF 0.07
8 ERQsFWYRySRMRRRRWFWF 0.07
9 DRQyFWYRySRLRRRRWFWF 0.08
10 ERQyFWYKySRLRRRRWFWF 0.09
11 ERQyFWYHySRLRRRRWFWF 0.09
12 DRQyFWYHySRMRRRRWFWF 0.1
13 sRQyFWYRySRLRRRRWFWF 0.1
14 DRQyFWYKySRMRRRRWFWF 0.1
15 ERQsFWYRySRLRRRRWFWF 0.11
16 ERQpFWYRySRLRRRRWFWF 0.11
17 sRQyFWYHySRMRRRRWFWF 0.12
18 DRQsFWYRySRMRRRRWFWF 0.12
19 sRQyFWYKySRMRRRRWFWF 0.12
20 ERQyFWYRySRMRRRRWFWs 0.12
21 DRQpFWYRySRMRRRRWFWF 0.12
22 ERQsFWYHySRMRRRRWFWF 0.13
23 ERQpFWYHySRMRRRRWFWF 0.13
24 ERQyFWYRySRMRRRRWIWF 0.13
25 ERQsFWYKySRMRRRRWFWF 0.13
26 ERQpFWYKySRMRRRRWFWF 0.13
27 DRQyFWYHySRLRRRRWFWF 0.14
28 sRQpFWYRySRMRRRRWFWF 0.14
29 sRQsFWYRySRMRRRRWFWF 0.14
30 DRQyFWYKySRLRRRRWFWF 0.14
31 ERQyFWYRySRLRRRRWFWs 0.15
32 ERQyFWYRySWMRRRRWFWF 0.15
33 sRQyFWYKySRLRRRRWFWF 0.16
34 ERQpFWYKySRLRRRRWFWF 0.16
35 DRQpFWYRySRLRRRRWFWF 0.16
36 ERQsFWYKySRLRRRRWFWF 0.16
37 ERQpFWYHySRLRRRRWFWF 0.16
38 ERQyFWYRySRMRRRRWFWD 0.16
39 ERQsFWYHySRLRRRRWFWF 0.16
40 DRQyFWYRySRMRRRRWFWs 0.16
41 sRQyFWYHySRLRRRRWFWF 0.16
42 DRQsFWYRySRLRRRRWFWF 0.16
43 DRQpFWYKySRMRRRRWFWF 0.17
44 ERQyFWYRySRLRRRRWIWF 0.17
45 ERQyFWYKySRMRRRRWFWs 0.17
46 DRQsFWYKySRMRRRRWFWF 0.17
47 DRQpFWYHySRMRRRRWFWF 0.17
48 DRQsFWYHySRMRRRRWFWF 0.17
49 sRQpFWYRySRLRRRRWFWF 0.17
50 ERQyFWYHySRMRRRRWFWs 0.17
51 sRQsFWYRySRLRRRRWFWF 0.18
52 sRQyFWYRySRMRRRRWFWs 0.18
53 ERQyFWYRySWLRRRRWFWF 0.18
54 DRQyFWYRySRMRRRRWIWF 0.18
55 ERQyFWYKySRMRRRRWIWF 0.18
56 sRQsFWYKySRMRRRRWFWF 0.19
57 ERQyFWYHySRMRRRRWIWF 0.19
58 ERQpFWYRySRMRRRRWFWs 0.19
59 sRQpFWYKySRMRRRRWFWF 0.19
60 sRQsFWYHySRMRRRRWFWF 0.19
61 DRQyFWYRySWMRRRRWFWF 0.19
62 sRQpFWYHySRMRRRRWFWF 0.19
63 ERQsFWYRySRMRRRRWFWs 0.19
64 ERQyFWYRySRLRRRRWFWD 0.2
65 ERQyFWYKySWMRRRRWFWF 0.2
66 ERQyFWYHySWMRRRRWFWF 0.2
67 DRQyFWYRySRLRRRRWFWs 0.2
68 ERQsFWYRySRMRRRRWIWF 0.2
69 ERQpFWYRySRMRRRRWIWF 0.2
70 sRQyFWYRySRMRRRRWIWF 0.2
71 ERQyFWYRySRMRRRRWHWF 0.21
72 ERQyFWYKySRLRRRRWFWs 0.21
73 ERQyFWYHySRLRRRRWFWs 0.21
74 DRQsFWYKySRLRRRRWFWF 0.21
75 DRQsFWYHySRLRRRRWFWF 0.21
76 DRQyFWYRySRLRRRRWIWF 0.21
77 DRQpFWYKySRLRRRRWFWF 0.21
78 ERQyFWYRySHMRRRRWFWF 0.21
79 sRQyFWYRySWMRRRRWFWF 0.21
80 DRQyFWYRySRMRRRRWFWD 0.21
81 DRQpFWYHySRLRRRRWFWF 0.21
82 DRQyFWYHySRMRRRRWFWs 0.22
83 ERQyFWYHySRLRRRRWIWF 0.22
84 ERQyFWYKySRMRRRRWFWD 0.22
85 ERQyFWYKySRLRRRRWIWF 0.22
86 ERQsFWYRySWMRRRRWFWF 0.22
87 ERQyFWYHySRMRRRRWFWD 0.22
88 sRQyFWYRySRLRRRRWFWs 0.22
89 ERQpFWYRySWMRRRRWFWF 0.22
90 DRQyFWYKySRMRRRRWFWs 0.22
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 DRQyFWYRySRLRRRRWFWF

6.28

-39.46

-33.18
2 ERQyFWYKySRLRRRRWFWF

6.2

-38.02

-31.82
3 DRQyFWYKySRLRRRRWFWF

6.25

-37.66

-31.41
4 sRQpFWYRySRMRRRRWFWF

5.98

-36.62

-30.64
5 ERQyFWYRySRMRRRRWFWs

5.32

-35.7

-30.38
6 ERQpFWYHySRMRRRRWFWF

5.79

-36.09

-30.3
7 ERQyFWYRySRMRRRRWFWF

7.51

-37.38

-29.87
8 DRQyFWYKySRMRRRRWFWF

5.33

-35.14

-29.81
9 ERQyFWYHySRMRRRRWFWF

5.25

-34.8

-29.55
10 ERQpFWYRySRMRRRRWFWF

5.85

-35.38

-29.53
11 DRQyFWYHySRMRRRRWFWF

5.89

-35.17

-29.28
12 DRQyFWYRySRMRRRRWFWF

5.4

-34.57

-29.17
13 ERQpFWYRySRLRRRRWFWF

5.86

-34.79

-28.93
14 sRQyFWYRySRMRRRRWFWF

5.79

-34.55

-28.76
15 sRQyFWYKySRMRRRRWFWF

5.51

-34.24

-28.73
16 DRQpFWYRySRMRRRRWFWF

5.84

-34.48

-28.64
17 ERQsFWYRySRLRRRRWFWF

5.92

-34.47

-28.55
18 sRQyFWYHySRMRRRRWFWF

6.31

-34.82

-28.51
19 ERQyFWYRySRMRRRRWIWF

6.2

-34.64

-28.44
20 ERQsFWYKySRMRRRRWFWF

6.26

-34.51

-28.25
21 DRQyFWYHySRLRRRRWFWF

5.97

-33.92

-27.95
22 ERQyFWYRySRLRRRRWFWF

6.31

-34.17

-27.86
23 ERQpFWYKySRMRRRRWFWF

5.02

-32.51

-27.49
24 ERQsFWYRySRMRRRRWFWF

5.44

-32.28

-26.84
25 ERQyFWYKySRMRRRRWFWF

6.09

-32.63

-26.54
26 sRQsFWYRySRMRRRRWFWF

5.58

-31.7

-26.12
27 sRQyFWYRySRLRRRRWFWF

6.32

-32.08

-25.76
28 DRQsFWYRySRMRRRRWFWF

5.79

-31.45

-25.66
29 ERQsFWYHySRMRRRRWFWF

8.37

-33.32

-24.95
30 ERQyFWYHySRLRRRRWFWF

6.08

-30.87

-24.79

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER