Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1P9D2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1P9D.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT P D L S S M T E E E Q I A Y A M Q M S L
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
poly-Ala A
A
A
A
A
A
A
A
A
 A
A
 A
A
A
A
A
A
 A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 58.113 ΔGbinding 31.612
TOTAL
 89.725
Backbone Hb -0.638 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -2.412 Torsional clash 3.586
Van der Waals -11.026 Backbone clash 2.305
Electrostatics 0.346 Helix dipole 0.036
Solvation Polar 10.335 Water bridges -0.772
Solvation Hyd -17.294 Disulfide 0.000
VdW clashes 41.109 Electrost. Kon 0.394
Entropy sc 4.884 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

3.063

 ΔGstability

290.551
       

Predicted ligand sequences for template [1P9D2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1P9D2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 HRGKPNGGTGGMLGGWEQGN 0.0
2 HRGKPNGGTGGMYGGWEQGN 0.01
3 HRGKPNGGTGGMLGGWEDGN 0.03
4 HRGKPNGGTGGMYGGWEDGN 0.04
5 HRGEPNGGTGGMLGGWEQGN 0.04
6 HRGKPNGGTGGMGGGWEQGN 0.04
7 HRGEPNGGTGGMYGGWEQGN 0.05
8 HRGKINGGTGGMLGGWEQGN 0.05
9 HRGKINGGTGGMYGGWEQGN 0.06
10 HRGKPNGGTGGMLGGWEQGD 0.07
11 HRGKPNGGTGGMGGGWEDGN 0.07
12 HRGNPNGGTGGMLGGWEQGN 0.07
13 HRGKVNGGTGGMLGGWEQGN 0.07
14 HRGEPNGGTGGMLGGWEDGN 0.07
15 HRGKINGGTGGMLGGWEDGN 0.08
16 HRGKVNGGTGGMYGGWEQGN 0.08
17 HRGEPNGGTGGMYGGWEDGN 0.08
18 HRGNPNGGTGGMYGGWEQGN 0.08
19 HRGEINGGTGGMLGGWEQGN 0.08
20 HRGKPNGGTGGMYGGWEQGD 0.08
21 HRGEPNGGTGGMGGGWEQGN 0.08
22 HRGEINGGTGGMYGGWEQGN 0.09
23 HRGKINGGTGGMGGGWEQGN 0.09
24 HRGKINGGTGGMYGGWEDGN 0.09
25 HRGNPNGGTGGMLGGWEDGN 0.1
26 GRGKPNGGTGGMLGGWEQGN 0.1
27 HRGKVNGGTGGMLGGWEDGN 0.1
28 HRGEVNGGTGGMLGGWEQGN 0.1
29 HRGKPNGGTGGMLGGWEQGF 0.1
30 HRGKPNGGTGGMLGGWEDGD 0.1
31 HRGKPNGGTGGMYGGWEDGD 0.11
32 HRGNINGGTGGMLGGWEQGN 0.11
33 HRGNPNGGTGGMGGGWEQGN 0.11
34 HRGKVNGGTGGMYGGWEDGN 0.11
35 HRGEPNGGTGGMLGGWEQGD 0.11
36 HRGNPNGGTGGMYGGWEDGN 0.11
37 HRGEINGGTGGMLGGWEDGN 0.11
38 HRGEPNGGTGGMGGGWEDGN 0.11
39 HRGKPNGGTGGMGGGWEQGD 0.11
40 HRGKVNGGTGGMGGGWEQGN 0.11
41 GRGKPNGGTGGMYGGWEQGN 0.11
42 HRGEVNGGTGGMYGGWEQGN 0.11
43 HRGKPNGGTGGMYGGWEQGF 0.11
44 HRGEPNGGTGGMYGGWEQGD 0.12
45 HRGKINGGTGGMLGGWEQGD 0.12
46 HRGKINGGTGGMGGGWEDGN 0.12
47 HRGEINGGTGGMGGGWEQGN 0.12
48 GRGEPNGGTGGMLGGWEQGN 0.13
49 GRGKPNGGTGGMLGGWEDGN 0.13
50 HRGKINGGTGGMYGGWEQGD 0.13
51 HRGNVNGGTGGMLGGWEQGN 0.13
52 HRGNINGGTGGMYGGWEQGN 0.13
53 HRGKPNGGTGGMLGGWEDGF 0.13
54 HRGEINGGTGGMYGGWEDGN 0.13
55 HRGEVNGGTGGMLGGWEDGN 0.13
56 HRGKPNGGTGGMYGGWEDGF 0.14
57 GRGKPNGGTGGMGGGWEQGN 0.14
58 GRGKINGGTGGMLGGWEQGN 0.14
59 HRGEPNGGTGGMLGGWEQGF 0.14
60 HRGNPNGGTGGMGGGWEDGN 0.14
61 HRGKVNGGTGGMGGGWEDGN 0.14
62 HRGEVNGGTGGMGGGWEQGN 0.14
63 HRGKPNGGTGGMGGGWEQGF 0.14
64 HRGNPNGGTGGMLGGWEQGD 0.14
65 HRGKVNGGTGGMLGGWEQGD 0.14
66 HRGNINGGTGGMLGGWEDGN 0.14
67 HRGKPNGGTGGMGGGWEDGD 0.14
68 HRGEPNGGTGGMLGGWEDGD 0.14
69 GRGKPNGGTGGMYGGWEDGN 0.14
70 HRGKINGGTGGMLGGWEDGD 0.15
71 HRGEVNGGTGGMYGGWEDGN 0.15
72 GRGEPNGGTGGMYGGWEQGN 0.15
73 HRGKVNGGTGGMYGGWEQGD 0.15
74 HRGEPNGGTGGMYGGWEQGF 0.15
75 HRGKINGGTGGMLGGWEQGF 0.15
76 HRGNINGGTGGMGGGWEQGN 0.15
77 HRGNPNGGTGGMYGGWEQGD 0.15
78 HRGNVNGGTGGMYGGWEQGN 0.15
79 HRGEINGGTGGMLGGWEQGD 0.15
80 HRGEPNGGTGGMYGGWEDGD 0.15
81 HRGEINGGTGGMGGGWEDGN 0.15
82 HRGEPNGGTGGMGGGWEQGD 0.15
83 HRGEINGGTGGMYGGWEQGD 0.16
84 HRGKINGGTGGMGGGWEQGD 0.16
85 GRGKVNGGTGGMLGGWEQGN 0.16
86 HRGKINGGTGGMYGGWEQGF 0.16
87 GRGNPNGGTGGMLGGWEQGN 0.16
88 HRGKINGGTGGMYGGWEDGD 0.16
89 HRGNVNGGTGGMLGGWEDGN 0.16
90 HRGNINGGTGGMYGGWEDGN 0.16
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 GRGKPNGGTGGMLGGWEQGN

12.94

-2.63

10.31
2 HRGKINGGTGGMGGGWEQGN

16.14

-3.74

12.4
3 HRGKPNGGTGGMLGGWEDGN

16.2

-3.47

12.73
4 HRGKINGGTGGMLGGWEDGN

16.77

-4.01

12.76
5 HRGKPNGGTGGMYGGWEDGN

16.14

-3.33

12.81
6 HRGKINGGTGGMYGGWEQGN

14.37

-1.53

12.84
7 HRGEVNGGTGGMLGGWEQGN

16.58

-3.71

12.87
8 HRGNPNGGTGGMLGGWEDGN

16.26

-3.32

12.94
9 HRGEPNGGTGGMYGGWEDGN

16.18

-3.22

12.96
10 HRGKPNGGTGGMYGGWEQGN

14.12

-1.11

13.01
11 HRGKPNGGTGGMGGGWEDGN

16.35

-3.24

13.11
12 HRGKINGGTGGMYGGWEDGN

16.1

-2.95

13.15
13 HRGEPNGGTGGMGGGWEQGN

16.38

-3.15

13.23
14 HRGEPNGGTGGMLGGWEDGN

16.56

-3.29

13.27
15 HRGKPNGGTGGMLGGWEDGD

16.21

-2.91

13.3
16 HRGKVNGGTGGMLGGWEDGN

16.58

-3.21

13.37
17 HRGKPNGGTGGMLGGWEQGF

16.31

-2.83

13.48
18 HRGKVNGGTGGMLGGWEQGN

16.28

-2.71

13.57
19 HRGEINGGTGGMYGGWEQGN

17.28

-3.66

13.62
20 HRGKPNGGTGGMYGGWEQGD

14.3

-0.61

13.69
21 HRGEPNGGTGGMYGGWEQGN

16.92

-3.01

13.91
22 HRGKINGGTGGMLGGWEQGN

15.91

-1.99

13.92
23 HRGKVNGGTGGMYGGWEQGN

16.59

-2.44

14.15
24 HRGNPNGGTGGMYGGWEQGN

16.34

-1.76

14.58
25 HRGEINGGTGGMLGGWEQGN

16.01

-1.21

14.8
26 HRGEPNGGTGGMLGGWEQGN

15.99

-1.18

14.81
27 HRGKPNGGTGGMLGGWEQGD

16.79

-1.91

14.88
28 HRGNPNGGTGGMLGGWEQGN

16.54

-1.17

15.37
29 HRGKPNGGTGGMGGGWEQGN

16.22

-0.53

15.69
30 HRGKPNGGTGGMLGGWEQGN

15.15

0.56

15.71

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER