Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1OL52.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1OL5.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT S Y S Y D A P S D F I N F S S
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
poly-Ala A
A
 A
A
 A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 5.618 ΔGbinding -29.559
TOTAL
 -23.941
Backbone Hb -7.725 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -9.062 Torsional clash 0.937
Van der Waals -19.490 Backbone clash 1.936
Electrostatics -3.066 Helix dipole 0.035
Solvation Polar 21.459 Water bridges -0.381
Solvation Hyd -26.860 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.697 Electrost. Kon -1.726
Entropy sc 6.346 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

9.276

 ΔGstability

-30.604
       

Predicted ligand sequences for template [1OL52.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1OL52.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 DWyFRSEKEWWyFRK 0.0
2 DWyFySEKEWWyFRK 0.03
3 EWyFRSEKEWWyFRK 0.04
4 DWyFRSEKEWWyFRW 0.05
5 EWyFySEKEWWyFRK 0.06
6 DWyFySEKEWWyFRW 0.08
7 EWyFRSEKEWWyFRW 0.09
8 EWyFySEKEWWyFRW 0.11
9 DWyFWSEKEWWyFRK 0.12
10 DWyFRSEKEWWyFRF 0.13
11 DWyFySEKEWWyFRF 0.15
12 EWyFWSEKEWWyFRK 0.16
13 EWyFRSEKEWWyFRF 0.16
14 DWyFWSEKEWWyFRW 0.17
15 EWyFySEKEWWyFRF 0.19
16 EWyFWSEKEWWyFRW 0.21
17 DWyFRSEQEWWyFRK 0.23
18 DWyFWSEKEWWyFRF 0.25
19 DWyFySEQEWWyFRK 0.25
20 EWyFRSEQEWWyFRK 0.26
21 DWyFRSEQEWWyFRW 0.28
22 EWyFWSEKEWWyFRF 0.29
23 EWyFySEQEWWyFRK 0.29
24 DWyFySEQEWWyFRW 0.3
25 EWyFRSEQEWWyFRW 0.31
26 DWKFRSEKEWWyFRK 0.32
27 DWyFRAEKEWWyFRK 0.33
28 EWyFySEQEWWyFRW 0.34
29 DWKFySEKEWWyFRK 0.34
30 DWyFRSEQEWWyFRF 0.35
31 EWKFRSEKEWWyFRK 0.35
32 DWyFWSEQEWWyFRK 0.35
33 DWyFyAEKEWWyFRK 0.35
34 EWyFRAEKEWWyFRK 0.36
35 DWyFRSsKEWWyFRK 0.36
36 DWKFRSEKEWWyFRW 0.37
37 DWRFRSEKEWWyFRK 0.38
38 DWyFySsKEWWyFRK 0.38
39 EWKFySEKEWWyFRK 0.38
40 DWyFySEQEWWyFRF 0.38
41 DWyFRAEKEWWyFRW 0.38
42 EWyFRSEQEWWyFRF 0.39
43 EWyFyAEKEWWyFRK 0.39
44 DWKFySEKEWWyFRW 0.39
45 EWyFWSEQEWWyFRK 0.39
46 EWyFRSsKEWWyFRK 0.39
47 EWKFRSEKEWWyFRW 0.4
48 DWyFWSEQEWWyFRW 0.4
49 DWRFySEKEWWyFRK 0.4
50 DWyFyAEKEWWyFRW 0.4
51 DWyFRSsKEWWyFRW 0.41
52 EWyFRAEKEWWyFRW 0.41
53 EWyFySEQEWWyFRF 0.41
54 EWRFRSEKEWWyFRK 0.41
55 EWyFySsKEWWyFRK 0.42
56 DWRFRSEKEWWyFRW 0.43
57 NWyFRSEKEWWyFRK 0.43
58 DWyFySsKEWWyFRW 0.43
59 EWKFySEKEWWyFRW 0.43
60 EWRFySEKEWWyFRK 0.44
61 DWKFWSEKEWWyFRK 0.44
62 DWKFRSEKEWWyFRF 0.44
63 EWyFWSEQEWWyFRW 0.44
64 EWyFyAEKEWWyFRW 0.44
65 EWyFRSsKEWWyFRW 0.44
66 NWyFySEKEWWyFRK 0.45
67 DWyFRAEKEWWyFRF 0.45
68 DWyFWAEKEWWyFRK 0.45
69 DWRFySEKEWWyFRW 0.46
70 EWKFWSEKEWWyFRK 0.47
71 DWKFySEKEWWyFRF 0.47
72 EWyFySsKEWWyFRW 0.47
73 EWRFRSEKEWWyFRW 0.47
74 EWKFRSEKEWWyFRF 0.48
75 DWyFWSEQEWWyFRF 0.48
76 NWyFRSEKEWWyFRW 0.48
77 DWyFRSsKEWWyFRF 0.48
78 EWyFWAEKEWWyFRK 0.48
79 DWyFWSsKEWWyFRK 0.48
80 DWyFyAEKEWWyFRF 0.48
81 EWRFySEKEWWyFRW 0.49
82 EWyFRAEKEWWyFRF 0.49
83 DWKFWSEKEWWyFRW 0.49
84 NWyFySEKEWWyFRW 0.5
85 DWRFWSEKEWWyFRK 0.5
86 EWKFySEKEWWyFRF 0.5
87 DWyFWAEKEWWyFRW 0.5
88 DWRFRSEKEWWyFRF 0.51
89 DWyFySsKEWWyFRF 0.51
90 EWyFWSEQEWWyFRF 0.51
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 DWyFySEQEWWyFRK

5.88

-43.27

-37.39
2 DWyFRAEKEWWyFRK

5.92

-43.28

-37.36
3 EWyFRSEKEWWyFRF

6.15

-43.23

-37.08
4 DWyFRSEQEWWyFRW

5.83

-42.69

-36.86
5 DWyFySEKEWWyFRW

6.02

-42.84

-36.82
6 DWKFySEKEWWyFRK

5.94

-42.58

-36.64
7 DWyFRSEKEWWyFRK

5.71

-41.92

-36.21
8 DWyFySEKEWWyFRF

5.86

-41.87

-36.01
9 DWyFySEKEWWyFRK

5.9

-41.61

-35.71
10 DWyFRSEQEWWyFRF

6.35

-41.66

-35.31
11 EWyFRSEKEWWyFRK

6.51

-41.73

-35.22
12 DWyFRSEKEWWyFRF

5.87

-41.08

-35.21
13 DWyFWSEKEWWyFRF

6.0

-41.15

-35.15
14 DWyFWSEKEWWyFRK

6.43

-41.55

-35.12
15 EWyFWSEKEWWyFRW

6.16

-40.96

-34.8
16 EWyFySEQEWWyFRK

5.8

-40.56

-34.76
17 DWyFWSEKEWWyFRW

5.75

-40.43

-34.68
18 EWyFRSEQEWWyFRK

6.2

-40.51

-34.31
19 EWyFWSEKEWWyFRF

5.68

-39.98

-34.3
20 EWyFRSEKEWWyFRW

6.0

-40.22

-34.22
21 DWyFRSEQEWWyFRK

6.61

-40.4

-33.79
22 DWyFySEQEWWyFRW

5.71

-39.34

-33.63
23 EWyFySEKEWWyFRF

5.92

-39.31

-33.39
24 DWKFRSEKEWWyFRK

6.13

-39.24

-33.11
25 DWyFRSEKEWWyFRW

5.73

-38.73

-33.0
26 EWyFWSEKEWWyFRK

5.68

-38.54

-32.86
27 EWyFySEKEWWyFRK

5.66

-38.49

-32.83
28 EWyFySEKEWWyFRW

5.84

-38.4

-32.56
29 EWyFySEQEWWyFRW

5.79

-37.44

-31.65
30 EWyFRSEQEWWyFRW

5.63

-34.73

-29.1

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER