Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1GAG2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1GAG.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT P A T G D F M N M S P V G
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
poly-Ala
A
 A A
G
A
A
 A
A
A
 A
A
 A G

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 3.739 ΔGbinding -20.120
TOTAL
 -16.381
Backbone Hb -5.062 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -0.713 Torsional clash 0.728
Van der Waals -14.306 Backbone clash 0.291
Electrostatics -3.048 Helix dipole -0.010
Solvation Polar 15.433 Water bridges -0.345
Solvation Hyd -21.248 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.295 Electrost. Kon -0.894
Entropy sc 3.097 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

5.954

 ΔGstability

-5.788
       

Predicted ligand sequences for template [1GAG2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1GAG2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 SysyDFWYMLQMS 0.0
2 SysyDFWYMLQMF 0.03
3 SysyDFWYMLQMK 0.07
4 SyMyDFWYMLQMS 0.09
5 SysyDFWYMLQLS 0.11
6 SyMyDFWYMLQMF 0.12
7 SMsyDFWYMLQMS 0.12
8 SysyDFWYMIQMS 0.13
9 TysyDFWYMLQMS 0.13
10 SysyDFWYMLQLF 0.14
11 SMsyDFWYMLQMF 0.15
12 SysyDFWYMIQMF 0.15
13 TysyDFWYMLQMF 0.15
14 SyMyDFWYMLQMK 0.16
15 SysyDFWYMMQMS 0.17
16 SysyDFWYMLQLK 0.18
17 SysyDFWYMMQMF 0.19
18 SMsyDFWYMLQMK 0.19
19 SysyDFWYMLWMS 0.2
20 SyMyDFWYMLQLS 0.2
21 SysyDFWYMIQMK 0.2
22 TysyDFWYMLQMK 0.2
23 SyRyDFWYMLQMS 0.21
24 SyMyDFWYMIQMS 0.22
25 TyMyDFWYMLQMS 0.22
26 SysyDFWYMLWMF 0.22
27 SMMyDFWYMLQMS 0.22
28 SMsyDFWYMLQLS 0.23
29 SyRyDFWYMLQMF 0.23
30 SyMyDFWYMLQLF 0.23
31 SysyDFWYMIQLS 0.24
32 TysyDFWYMLQLS 0.24
33 SysyDFWYMMQMK 0.24
34 SMMyDFWYMLQMF 0.24
35 SyMyDFWYMIQMF 0.25
36 TyMyDFWYMLQMF 0.25
37 TMsyDFWYMLQMS 0.25
38 SWsyDFWYMLQMS 0.25
39 SysyDFMYMLQMS 0.25
40 SMsyDFWYMIQMS 0.25
41 SMsyDFWYMLQLF 0.26
42 TysyDFWYMIQMS 0.26
43 SysyDFWYMIQLF 0.26
44 TysyDFWYMLQLF 0.26
45 SyMyDFWYMMQMS 0.26
46 SysyDFMYMLQMF 0.27
47 SysyDFWYMLWMK 0.27
48 SyMyDFWYMLQLK 0.27
49 SysyDFWYMMQLS 0.28
50 TMsyDFWYMLQMF 0.28
51 TysyDFWYMIQMF 0.28
52 SWsyDFWYMLQMF 0.28
53 SyRyDFWYMLQMK 0.28
54 SMsyDFWYMIQMF 0.28
55 SyMyDFWYMIQMK 0.29
56 TyMyDFWYMLQMK 0.29
57 SyMyDFWYMLWMS 0.29
58 SMsyDFWYMMQMS 0.29
59 SMMyDFWYMLQMK 0.29
60 SyMyDFWYMMQMF 0.29
61 SysyDFWYMMQLF 0.3
62 SMsyDFWYMLQLK 0.3
63 TysyDFWYMMQMS 0.3
64 SysyDFWYMLWLS 0.31
65 SysyDFWYMIQLK 0.31
66 TysyDFWYMLQLK 0.31
67 SyRyDFWYMLQLS 0.32
68 TMsyDFWYMLQMK 0.32
69 SWsyDFWYMLQMK 0.32
70 SMsyDFWYMLWMS 0.32
71 SysyDFMYMLQMK 0.32
72 WysyDFWYMLQMS 0.32
73 SyMyDFWYMLWMF 0.32
74 SMsyDFWYMMQMF 0.32
75 SMsyDFWYMIQMK 0.32
76 TysyDFWYMMQMF 0.32
77 SysyDFWYMIWMS 0.33
78 SMRyDFWYMLQMS 0.33
79 SysyDFWYMLWLF 0.33
80 TysyDFWYMIQMK 0.33
81 TysyDFWYMLWMS 0.33
82 SMMyDFWYMLQLS 0.33
83 SyMyDFWYMIQLS 0.33
84 TyMyDFWYMLQLS 0.33
85 SyMyDFWYMMQMK 0.33
86 TyRyDFWYMLQMS 0.34
87 SyRyDFWYMIQMS 0.34
88 TMMyDFWYMLQMS 0.34
89 WysyDFWYMLQMF 0.34
90 SMMyDFWYMIQMS 0.34
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 SysyDFWYMIQMF

4.16

-27.19

-23.03
2 SysyDFWYMLQLK

4.22

-27.12

-22.9
3 SysyDFWYMLQLF

4.14

-26.52

-22.38
4 SysyDFWYMMQMF

4.1

-26.47

-22.37
5 SysyDFWYMIQMK

4.23

-26.47

-22.24
6 SysyDFWYMLQMF

4.36

-26.53

-22.17
7 SysyDFWYMLQMS

4.31

-26.35

-22.04
8 SyMyDFWYMLQMF

4.39

-26.37

-21.98
9 SMsyDFWYMLQMK

3.97

-25.76

-21.79
10 SysyDFWYMLQMK

4.36

-25.99

-21.63
11 SysyDFWYMLQLS

4.11

-25.66

-21.55
12 SyMyDFWYMLQLS

4.12

-25.65

-21.53
13 SMsyDFWYMLQMS

4.04

-25.55

-21.51
14 SyMyDFWYMLQMS

4.1

-25.57

-21.47
15 SMsyDFWYMLQMF

3.88

-25.31

-21.43
16 SyRyDFWYMLQMF

4.2

-25.49

-21.29
17 TysyDFWYMLQMK

4.08

-25.24

-21.16
18 SyRyDFWYMLQMS

4.29

-25.41

-21.12
19 SyMyDFWYMLQLF

4.34

-25.46

-21.12
20 SysyDFWYMIQMS

4.35

-25.29

-20.94
21 TysyDFWYMLQMF

4.55

-25.49

-20.94
22 SyMyDFWYMIQMS

4.14

-24.9

-20.76
23 SysyDFWYMMQMS

4.08

-24.82

-20.74
24 SysyDFWYMLWMS

4.61

-25.25

-20.64
25 TyMyDFWYMLQMS

4.31

-24.47

-20.16
26 SyMyDFWYMLQMK

4.21

-24.35

-20.14
27 TysyDFWYMLQMS

4.21

-23.62

-19.41
28 SysyDFWYMLWMF

6.33

-25.62

-19.29
29 SMMyDFWYMLQMS

8.14

-22.63

-14.49
30 SMsyDFWYMLQLS

4.13

-17.28

-13.15

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