Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1CMK2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1CMK.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT T T Y A D F I A S G R T G R R N A I H D
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
poly-Ala
A
 A A
A
 A
A
A
A
 A
G
A
A
G
A
A
 A
A
 A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 13.824 ΔGbinding -17.345
TOTAL
 -3.521
Backbone Hb -1.775 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -10.362 Torsional clash 7.444
Van der Waals -15.837 Backbone clash 0.520
Electrostatics -13.616 Helix dipole 0.026
Solvation Polar 25.022 Water bridges -0.071
Solvation Hyd -19.501 Disulfide 0.000
VdW clashes 3.952 Electrost. Kon -5.918
Entropy sc 7.795 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

5.496

 ΔGstability

109.881
       

Predicted ligand sequences for template [1CMK2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1CMK2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 yRREMMyHMHWWRWRKTMGD 0.0
2 yRREMMyRMHWWRWRKTMGD 0.01
3 yRREMMyTMHWWRWRKTMGD 0.02
4 yRyEMMyHMHWWRWRKTMGD 0.04
5 yRyEMMyRMHWWRWRKTMGD 0.05
6 yRyEMMyTMHWWRWRKTMGD 0.05
7 yRWEMMyHMHWWRWRKTMGD 0.12
8 yRRELMyHMHWWRWRKTMGD 0.12
9 yRREMWyHMHWWRWRKTMGD 0.12
10 yRRQMMyHMHWWRWRKTMGD 0.12
11 yRRQMMyTMHWWRWRKTMGD 0.13
12 yRRQMMyRMHWWRWRKTMGD 0.13
13 yRREMMyHFHWWRWRKTMGD 0.14
14 yRREMWyRMHWWRWRKTMGD 0.14
15 yRRELMyTMHWWRWRKTMGD 0.14
16 yRWEMMyTMHWWRWRKTMGD 0.14
17 yRRELMyRMHWWRWRKTMGD 0.14
18 yRWEMMyRMHWWRWRKTMGD 0.14
19 yRREMWyTMHWWRWRKTMGD 0.14
20 yRREMMyRFHWWRWRKTMGD 0.15
21 yRyQMMyHMHWWRWRKTMGD 0.15
22 yRREMMyTFHWWRWRKTMGD 0.16
23 yRyELMyHMHWWRWRKTMGD 0.16
24 yRyEMWyHMHWWRWRKTMGD 0.16
25 yRyELMyTMHWWRWRKTMGD 0.17
26 yRyELMyRMHWWRWRKTMGD 0.17
27 yRyQMMyRMHWWRWRKTMGD 0.17
28 yRyEMWyRMHWWRWRKTMGD 0.17
29 yRyQMMyTMHWWRWRKTMGD 0.17
30 yRyEMWyTMHWWRWRKTMGD 0.18
31 yRyEMMyHFHWWRWRKTMGD 0.18
32 yRyEMMyTFHWWRWRKTMGD 0.19
33 yRREMMyHMHWWRWRGTMGD 0.19
34 yRyEMMyRFHWWRWRKTMGD 0.19
35 yRRyMMyHMHWWRWRKTMGD 0.2
36 yRREMMyTMHWWRWRGTMGD 0.21
37 yRREMMyRMHWWRWRGTMGD 0.21
38 yRRyMMyRMHWWRWRKTMGD 0.22
39 yRRyMMyTMHWWRWRKTMGD 0.22
40 yRREMMyHMHWWRWRKTWGD 0.23
41 yRyEMMyHMHWWRWRGTMGD 0.23
42 yRWQMMyHMHWWRWRKTMGD 0.24
43 yRWEMWyHMHWWRWRKTMGD 0.24
44 yRRQMWyHMHWWRWRKTMGD 0.24
45 yRWELMyHMHWWRWRKTMGD 0.24
46 yRRELWyHMHWWRWRKTMGD 0.24
47 yRRQLMyHMHWWRWRKTMGD 0.24
48 yRyyMMyHMHWWRWRKTMGD 0.24
49 yRRQLMyTMHWWRWRKTMGD 0.25
50 yRREKMyHMHWWRWRKTMGD 0.25
51 yRRQLMyRMHWWRWRKTMGD 0.25
52 yRRQMWyTMHWWRWRKTMGD 0.25
53 yRyEMMyTMHWWRWRGTMGD 0.25
54 yRWQMMyTMHWWRWRKTMGD 0.25
55 yRWQMMyRMHWWRWRKTMGD 0.25
56 yRREMMyTMHWWRWRKTWGD 0.25
57 yRRQMWyRMHWWRWRKTMGD 0.25
58 yRREMMyRMHWWRWRKTWGD 0.25
59 yRyEMMyRMHWWRWRGTMGD 0.25
60 yRRQMMyHFHWWRWRKTMGD 0.25
61 yRWEMWyRMHWWRWRKTMGD 0.26
62 yRRELWyTMHWWRWRKTMGD 0.26
63 yRyyMMyTMHWWRWRKTMGD 0.26
64 yRREMMyHSHWWRWRKTMGD 0.26
65 yRREMMyHMHWWRWRRTMGD 0.26
66 yRWEMMyHFHWWRWRKTMGD 0.26
67 yRRELWyRMHWWRWRKTMGD 0.26
68 yRWELMyTMHWWRWRKTMGD 0.26
69 yRRELMyHFHWWRWRKTMGD 0.26
70 yRREKMyRMHWWRWRKTMGD 0.26
71 yRWEMWyTMHWWRWRKTMGD 0.26
72 yRREMWyHFHWWRWRKTMGD 0.26
73 yRREMMyHMHWWRWRKTMGG 0.26
74 yRWELMyRMHWWRWRKTMGD 0.26
75 yRyyMMyRMHWWRWRKTMGD 0.26
76 yRREMMyTSHWWRWRKTMGD 0.27
77 yRREMMyRMHWWRWRKTMGG 0.27
78 yRyEMMyHMHWWRWRKTWGD 0.27
79 yRRQMMyRFHWWRWRKTMGD 0.27
80 yRyQLMyHMHWWRWRKTMGD 0.27
81 yRREKMyTMHWWRWRKTMGD 0.27
82 yRREMMyRMHWWRWRRTMGD 0.27
83 yRRQMMyTFHWWRWRKTMGD 0.27
84 yRREMMyRSHWWRWRKTMGD 0.27
85 yRRELMyTFHWWRWRKTMGD 0.28
86 yRWEMMyRFHWWRWRKTMGD 0.28
87 yRyQMWyHMHWWRWRKTMGD 0.28
88 yRyELWyHMHWWRWRKTMGD 0.28
89 yRREMMyTMHWWRWRRTMGD 0.28
90 yRREMWyTFHWWRWRKTMGD 0.28
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 yRyEMMyHMHWWRWRKTMGD

8.62

-29.72

-21.1
2 yRyEMMyTMHWWRWRKTMGD

9.04

-29.74

-20.7
3 yRWEMMyRMHWWRWRKTMGD

9.12

-29.54

-20.42
4 yRRELMyRMHWWRWRKTMGD

8.56

-28.93

-20.37
5 yRyELMyHMHWWRWRKTMGD

8.96

-28.8

-19.84
6 yRREMMyRFHWWRWRKTMGD

9.37

-29.13

-19.76
7 yRyQMMyHMHWWRWRKTMGD

9.37

-28.92

-19.55
8 yRyEMWyTMHWWRWRKTMGD

9.52

-28.21

-18.69
9 yRREMMyRMHWWRWRKTMGD

9.28

-27.79

-18.51
10 yRREMMyTMHWWRWRKTMGD

9.17

-27.35

-18.18
11 yRWEMMyHMHWWRWRKTMGD

8.89

-26.97

-18.08
12 yRWEMMyTMHWWRWRKTMGD

9.05

-26.97

-17.92
13 yRREMWyRMHWWRWRKTMGD

9.42

-27.28

-17.86
14 yRRELMyHMHWWRWRKTMGD

8.93

-26.45

-17.52
15 yRyEMWyHMHWWRWRKTMGD

9.35

-26.81

-17.46
16 yRyQMMyRMHWWRWRKTMGD

8.98

-26.37

-17.39
17 yRREMMyHFHWWRWRKTMGD

10.15

-27.4

-17.25
18 yRyQMMyTMHWWRWRKTMGD

8.79

-25.99

-17.2
19 yRRQMMyHMHWWRWRKTMGD

9.17

-26.34

-17.17
20 yRREMWyTMHWWRWRKTMGD

9.08

-24.85

-15.77
21 yRyELMyRMHWWRWRKTMGD

9.08

-24.16

-15.08
22 yRyEMMyRMHWWRWRKTMGD

9.58

-24.47

-14.89
23 yRRQMMyRMHWWRWRKTMGD

9.87

-24.7

-14.83
24 yRRELMyTMHWWRWRKTMGD

9.12

-23.85

-14.73
25 yRyELMyTMHWWRWRKTMGD

9.49

-23.53

-14.04
26 yRRQMMyTMHWWRWRKTMGD

9.41

-23.21

-13.8
27 yRREMWyHMHWWRWRKTMGD

9.27

-22.07

-12.8
28 yRREMMyTFHWWRWRKTMGD

9.61

-21.78

-12.17
29 yRREMMyHMHWWRWRKTMGD

10.19

-22.11

-11.92
30 yRyEMWyRMHWWRWRKTMGD

10.17

-21.79

-11.62

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER