Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1BMB2.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1BMB.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT K P F y V N V E F
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9
poly-Ala
A
A
 A
y
A
A
 A
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 1.873 ΔGbinding -17.970
TOTAL
 -16.097
Backbone Hb -4.550 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -8.890 Torsional clash 0.230
Van der Waals -9.510 Backbone clash 1.360
Electrostatics -4.240 Helix dipole 0.010
Solvation Polar 13.890 Water bridges -0.700
Solvation Hyd -10.350 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.090 Electrost. Kon -1.640
Entropy sc 4.070 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

3.620

 ΔGstability

-2.780
       

Predicted ligand sequences for template [1BMB2.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1BMB2.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 MyDyyNLss 0.0
2 MyDyyNLsp 0.02
3 MyDyyNMss 0.03
4 EyDyyNLss 0.05
5 MyDyyNMsp 0.05
6 syDyyNLss 0.05
7 EyDyyNLsp 0.07
8 syDyyNLsp 0.07
9 syDyyNMss 0.08
10 EyDyyNMss 0.08
11 syDyyNMsp 0.1
12 EyDyyNMsp 0.1
13 MyDyyNLsE 0.1
14 MFDyyNLss 0.12
15 MyDyyNLDs 0.13
16 MyDyyNMsE 0.13
17 MFDyyNLsp 0.14
18 MyDyyNLEs 0.14
19 MFDyyNMss 0.15
20 EyDyyNLsE 0.15
21 MyDyyNLDp 0.15
22 syDyyNLsE 0.15
23 MyDyyNLEp 0.16
24 MyDyyNMDs 0.16
25 MFDyyNMsp 0.17
26 MyDyyNMEs 0.17
27 EFDyyNLss 0.17
28 sFDyyNLss 0.17
29 EyDyyNLDs 0.18
30 syDyyNMsE 0.18
31 EyDyyNMsE 0.18
32 syDyyNLDs 0.18
33 MyDyyNMDp 0.18
34 EyDyyNLEs 0.19
35 MyDyyNMEp 0.19
36 EFDyyNLsp 0.19
37 sFDyyNLsp 0.19
38 syDyyNLEs 0.19
39 sFDyyNMss 0.2
40 EyDyyNLDp 0.2
41 EFDyyNMss 0.2
42 syDyyNLDp 0.2
43 EyDyyNMDs 0.21
44 EyDyyNLEp 0.21
45 syDyyNMDs 0.21
46 syDyyNLEp 0.21
47 EyDyyNMEs 0.22
48 sFDyyNMsp 0.22
49 MFDyyNLsE 0.22
50 EFDyyNMsp 0.22
51 syDyyNMEs 0.22
52 EyDyyNMDp 0.23
53 MyDyyNLDE 0.23
54 syDyyNMDp 0.23
55 EyDyyNMEp 0.24
56 syDyyNMEp 0.24
57 MyDyyNLEE 0.24
58 MFDyyNMsE 0.25
59 MFDyyNLDs 0.25
60 MFDyyNLEs 0.26
61 MyDyyNMDE 0.26
62 MFDyyNLDp 0.27
63 MyDyyNMEE 0.27
64 EFDyyNLsE 0.27
65 sFDyyNLsE 0.27
66 MFDyyNLEp 0.28
67 EyDyyNLDE 0.28
68 MFDyyNMDs 0.28
69 syDyyNLDE 0.28
70 EyDyyNLEE 0.29
71 MFDyyNMEs 0.29
72 MyWyyNLss 0.29
73 syDyyNLEE 0.29
74 sFDyyNLDs 0.3
75 sFDyyNMsE 0.3
76 MFDyyNMDp 0.3
77 EFDyyNMsE 0.3
78 EFDyyNLDs 0.3
79 MFDyyNMEp 0.31
80 EyDyyNMDE 0.31
81 MyWyyNLsp 0.31
82 syDyyNMDE 0.31
83 EFDyyNLEs 0.31
84 MysyyNLss 0.31
85 sFDyyNLEs 0.31
86 EyDyyNMEE 0.32
87 sFDyyNLDp 0.32
88 MyWyyNMss 0.32
89 syDyyNMEE 0.32
90 EFDyyNLDp 0.32
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 EyDyyNLsE

2.46

-25.24

-22.78
2 EyDyyNMss

2.88

-25.06

-22.18
3 EyDyyNLDs

1.9

-24.03

-22.13
4 syDyyNLsE

2.32

-23.94

-21.62
5 EyDyyNLss

1.77

-23.35

-21.58
6 MyDyyNLEp

2.5

-22.81

-20.31
7 syDyyNMsp

1.68

-21.23

-19.55
8 EyDyyNLsp

2.04

-21.37

-19.33
9 MyDyyNMDs

2.47

-21.76

-19.29
10 syDyyNLss

1.68

-20.92

-19.24
11 EyDyyNMsp

3.56

-22.64

-19.08
12 syDyyNMsE

1.81

-20.71

-18.9
13 MyDyyNLss

2.51

-21.4

-18.89
14 syDyyNMss

1.77

-20.34

-18.57
15 MyDyyNMss

1.98

-20.26

-18.28
16 MyDyyNLsp

1.57

-19.76

-18.19
17 MyDyyNMEs

2.21

-20.18

-17.97
18 syDyyNLsp

3.21

-21.1

-17.89
19 MyDyyNMsp

2.94

-20.45

-17.51
20 MyDyyNLDp

3.25

-19.8

-16.55
21 MyDyyNLEs

1.64

-18.01

-16.37
22 MyDyyNMsE

1.86

-17.8

-15.94
23 MyDyyNLDs

2.88

-18.72

-15.84
24 MFDyyNMsp

2.47

-15.78

-13.31
25 MFDyyNLsp

3.54

-15.02

-11.48
26 EFDyyNLss

2.11

-12.99

-10.88
27 MyDyyNLsE

2.55

-12.9

-10.35
28 sFDyyNLss

3.54

-11.77

-8.23
29 MFDyyNMss

4.71

-12.64

-7.93
30 MFDyyNLss

3.86

-10.84

-6.98

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER