Predicted ligand sequences


ADAN-name: 1A812.PDB (view again the scoring matrix)

PDB name: [1A81.PDB]

Wild-type ligand sequence and binding properties                 (Help)

WT Q R D L y S G L N
position 1 2 3 4 5 6 7 8 9
poly-Ala
A
A
 A
A
y
A
G
A
A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 8.354 ΔGbinding -6.050
TOTAL
 2.304
Backbone Hb -0.950 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -3.430 Torsional clash 0.140
Van der Waals -7.720 Backbone clash 1.380
Electrostatics -2.940 Helix dipole -0.400
Solvation Polar 10.970 Water bridges -0.950
Solvation Hyd -8.640 Disulfide 0.000
VdW clashes 1.180 Electrost. Kon -1.610
Entropy sc 4.230 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

4.050

 ΔGstability

85.010
       

Predicted ligand sequences for template [1A812.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  1A812.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 DyYyyDMMG 0.0
2 EyYyyDMMG 0.0
3 pyYyyDMMG 0.01
4 DsYyyDMMG 0.1
5 EpYyyDMMG 0.1
6 DpYyyDMMG 0.1
7 EsYyyDMMG 0.1
8 ppYyyDMMG 0.11
9 psYyyDMMG 0.11
10 EyYyyDMLG 0.15
11 DyYyyDMLG 0.15
12 pyYyyDMLG 0.16
13 DsYyyDMLG 0.25
14 EsYyyDMLG 0.25
15 DpYyyDMLG 0.25
16 EpYyyDMLG 0.25
17 ppYyyDMLG 0.26
18 psYyyDMLG 0.26
19 DyKyyDMMG 0.29
20 EyKyyDMMG 0.29
21 pyKyyDMMG 0.3
22 DyGyyDMMG 0.36
23 EyGyyDMMG 0.36
24 pyGyyDMMG 0.37
25 DsKyyDMMG 0.39
26 DpKyyDMMG 0.39
27 EpKyyDMMG 0.39
28 EsKyyDMMG 0.39
29 ppKyyDMMG 0.4
30 psKyyDMMG 0.4
31 DyKyyDMLG 0.44
32 EyKyyDMLG 0.44
33 pyKyyDMLG 0.45
34 EpGyyDMMG 0.46
35 EsGyyDMMG 0.46
36 EyYyyEMMG 0.46
37 DyYyyEMMG 0.46
38 DpGyyDMMG 0.46
39 DsGyyDMMG 0.46
40 ppGyyDMMG 0.47
41 pyYyyEMMG 0.47
42 psGyyDMMG 0.47
43 DyGyyDMLG 0.51
44 EyGyyDMLG 0.51
45 pyGyyDMLG 0.52
46 EsKyyDMLG 0.54
47 DsKyyDMLG 0.54
48 DpKyyDMLG 0.54
49 EpKyyDMLG 0.54
50 psKyyDMLG 0.55
51 ppKyyDMLG 0.55
52 EsYyyEMMG 0.56
53 EpYyyEMMG 0.56
54 DpYyyEMMG 0.56
55 DsYyyEMMG 0.56
56 ppYyyEMMG 0.57
57 psYyyEMMG 0.57
58 EyYyyEMLG 0.61
59 EpGyyDMLG 0.61
60 DpGyyDMLG 0.61
61 EsGyyDMLG 0.61
62 DsGyyDMLG 0.61
63 DyYyyEMLG 0.61
64 psGyyDMLG 0.62
65 ppGyyDMLG 0.62
66 pyYyyEMLG 0.62
67 EsYyyEMLG 0.71
68 DsYyyEMLG 0.71
69 EpYyyEMLG 0.71
70 DpYyyEMLG 0.71
71 psYyyEMLG 0.72
72 ppYyyEMLG 0.72
73 EyKyyEMMG 0.76
74 DyKyyEMMG 0.76
75 pyKyyEMMG 0.77
76 DyGyyEMMG 0.82
77 EyGyyEMMG 0.82
78 pyGyyEMMG 0.83
79 DsKyyEMMG 0.86
80 DpKyyEMMG 0.86
81 EpKyyEMMG 0.86
82 EsKyyEMMG 0.86
83 psKyyEMMG 0.87
84 ppKyyEMMG 0.87
85 EyKyyEMLG 0.91
86 DyKyyEMLG 0.91
87 DsGyyEMMG 0.92
88 pyKyyEMLG 0.92
89 EpGyyEMMG 0.92
90 EsGyyEMMG 0.92
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 psYyyDMLG

5.8

-12.21

-6.41
2 DpYyyDMMG

6.56

-12.94

-6.38
3 psYyyDMMG

6.23

-11.61

-5.38
4 pyGyyDMMG

5.92

-10.98

-5.06
5 DpYyyDMLG

6.23

-11.29

-5.06
6 DyYyyDMLG

6.79

-11.66

-4.87
7 DpKyyDMMG

7.15

-11.95

-4.8
8 EpKyyDMMG

7.69

-12.4

-4.71
9 ppYyyDMLG

5.76

-10.36

-4.6
10 EsKyyDMMG

6.61

-11.13

-4.52
11 DyYyyDMMG

7.21

-11.66

-4.45
12 EyKyyDMMG

7.04

-11.45

-4.41
13 pyKyyDMMG

6.6

-10.94

-4.34
14 EyYyyDMMG

7.95

-12.29

-4.34
15 EpYyyDMLG

6.42

-10.68

-4.26
16 EpYyyDMMG

6.93

-11.07

-4.14
17 DyGyyDMMG

6.78

-10.82

-4.04
18 DyKyyDMMG

7.57

-11.53

-3.96
19 EsYyyDMLG

6.02

-9.89

-3.87
20 pyYyyDMMG

7.16

-11.03

-3.87
21 DsYyyDMMG

6.48

-10.33

-3.85
22 EsYyyDMMG

6.54

-10.23

-3.69
23 pyYyyDMLG

6.18

-9.81

-3.63
24 DsYyyDMLG

5.63

-9.26

-3.63
25 DsKyyDMMG

7.45

-11.08

-3.63
26 psKyyDMMG

7.52

-10.76

-3.24
27 ppKyyDMMG

8.23

-11.27

-3.04
28 ppYyyDMMG

7.0

-9.89

-2.89
29 EyYyyDMLG

7.35

-9.5

-2.15
30 EyGyyDMMG

6.58

-8.69

-2.11

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER