Predicted ligand sequences (modelled structure)


ADAN-name: ABP1_1JO8-14.PDB (view again the scoring matrix)

Starting poly-Ala ligand sequence and binding properties                 (Help)

position 1 2 3 4 5 6 7 8 9
poly-Ala
A
 A
A
A
 A
A
 A
A
 A

Grey: Restrictive positions; only 1 or 2 residues predicted after FoldX analysis

Yellow: Tolerant positions; more than 10 residues predicted after FoldX analysis

 

WT ligand    

(Help)

Intraclash 0.848 ΔGbinding 0.279
TOTAL
 1.127
Backbone Hb -0.638 Cis_bond 0.000
Sidechain Hb -0.638 Torsional clash 0.105
Van der Waals -3.736 Backbone clash 0.102
Electrostatics 0.542 Helix dipole 0.000
Solvation Polar 4.380 Water bridges -0.126
Solvation Hyd -5.444 Disulfide 0.000
VdW clashes 0.025 Electrost. Kon 0.510
Entropy sc 0.510 Part.cov.bonds 0.000
Entropy mc

4.788

 ΔGstability

13.052
       

Predicted ligand sequences for model [ABP1_1JO8-14.PDB]

(from FoldX scoring matrices).
If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence).
 
  ABP1_1JO8-14.PDB  

(data)
# Predicted Sequences Value Calculate
1 YWPRRWRKI 0.0
2 YWFRRWRKI 0.02
3 YWPRRWRKR 0.07
4 YWPRIWRKI 0.08
5 YWFRRWRKR 0.09
6 YWYRRWRKI 0.09
7 YWPRRWKKI 0.1
8 YWFRIWRKI 0.11
9 YWFRRWKKI 0.13
10 YWPRIWRKR 0.15
11 YWYRRWRKR 0.16
12 YWYRIWRKI 0.17
13 YWPRRWKKR 0.17
14 YWFRIWRKR 0.17
15 YWPRIWKKI 0.18
16 YWYRRWKKI 0.2
17 YWFRRWKKR 0.2
18 YWFRIWKKI 0.21
19 YWYRIWRKR 0.24
20 YWPRIWKKR 0.25
21 YWYRRWKKR 0.26
22 YWYRIWKKI 0.28
23 YWPRRWRKK 0.28
24 YWFRIWKKR 0.28
25 YWPRRWRRI 0.29
26 YWFRRWRKK 0.3
27 YWFRRWRRI 0.31
28 YWPRVWRKI 0.32
29 YWYRIWKKR 0.34
30 YWFRVWRKI 0.35
31 YWPRIWRKK 0.36
32 YWPRRWRRR 0.36
33 YWYRRWRKK 0.37
34 YWPRIWRRI 0.37
35 YWFRRWRRR 0.38
36 YWFRIWRKK 0.38
37 YWPRRWKKK 0.38
38 YWYRRWRRI 0.38
39 YWPRRWKRI 0.39
40 YWPRVWRKR 0.39
41 YWFRIWRRI 0.39
42 YWFRRWKKK 0.4
43 YWYRVWRKI 0.41
44 YWFRVWRKR 0.41
45 YWFRRWKRI 0.42
46 YWPRVWKKI 0.43
47 YWPRIWRRR 0.44
48 YWYRIWRKK 0.45
49 YWYRRWRRR 0.45
50 YWFRVWKKI 0.45
51 YWPRRWKRR 0.46
52 YDPRRWRKI 0.46
53 YWPRIWKKK 0.46
54 YWFRIWRRR 0.46
55 YWYRIWRRI 0.46
56 YWYRRWKKK 0.47
57 YWPRRWWKI 0.47
58 YWPRIWKRI 0.47
59 YFPRRWRKI 0.47
60 YWYRVWRKR 0.48
61 YWFRRWKRR 0.48
62 YWYRRWKRI 0.48
63 YWFRIWKKK 0.49
64 YWPRVWKKR 0.49
65 YDFRRWRKI 0.49
66 YWFRRWWKI 0.5
67 YFFRRWRKI 0.5
68 YWFRIWKRI 0.5
69 YWYRVWKKI 0.52
70 YWFRVWKKR 0.52
71 YDPRRWRKR 0.53
72 YWYRIWRRR 0.53
73 YWPRRWWKR 0.54
74 YDPRIWRKI 0.54
75 YWPRIWKRR 0.54
76 YFPRRWRKR 0.54
77 YDYRRWRKI 0.55
78 YFPRIWRKI 0.55
79 YWYRIWKKK 0.55
80 YWYRRWKRR 0.55
81 YWPRIWWKI 0.55
82 YWYRRWWKI 0.56
83 YWPRRWRRK 0.56
84 YWYRIWKRI 0.56
85 YWFRIWKRR 0.56
86 YFFRRWRKR 0.56
87 YDFRRWRKR 0.56
88 YFYRRWRKI 0.56
89 YWFRRWWKR 0.57
90 YDPRRWKKI 0.57
  (binding_energy)(dif)  (stability_energy)(dif)

(data)

  

(Help)
# Precalculated Models Intraclash ΔGbinding Total
1 YWYRIWKKR

2.43

-11.49

-9.06
2 YWPRRWRKR

2.21

-11.17

-8.96
3 YWPRRWKKR

1.48

-10.17

-8.69
4 YWYRRWKKI

2.74

-10.96

-8.22
5 YWYRRWKKR

2.12

-10.09

-7.97
6 YWPRIWKKR

1.77

-9.51

-7.74
7 YWYRRWRKR

1.74

-9.09

-7.35
8 YWFRRWRKR

1.71

-8.95

-7.24
9 YWFRRWKKR

1.63

-8.8

-7.17
10 YWPRRWRKI

1.38

-8.5

-7.12
11 YWYRIWRKI

2.12

-8.98

-6.86
12 YWPRIWRKI

1.78

-8.55

-6.77
13 YWFRVWRKI

2.18

-8.94

-6.76
14 YWFRIWRKR

2.38

-8.54

-6.16
15 YWFRIWRKI

2.14

-8.16

-6.02
16 YWFRIWKKR

2.57

-8.58

-6.01
17 YWFRRWRRI

1.42

-7.04

-5.62
18 YWYRRWRKI

1.37

-6.98

-5.61
19 YWPRIWKKI

1.32

-6.91

-5.59
20 YWPRIWRKR

2.45

-7.99

-5.54
21 YWPRRWRRI

2.29

-7.75

-5.46
22 YWPRRWRKK

1.58

-7.0

-5.42
23 YWFRRWKKI

1.46

-6.71

-5.25
24 YWPRRWKKI

2.45

-7.17

-4.72
25 YWFRIWKKI

2.06

-6.64

-4.58
26 YWFRRWRKK

2.33

-6.85

-4.52
27 YWFRRWRKI

1.87

-6.21

-4.34
28 YWYRIWRKR

2.81

-7.15

-4.34
29 YWYRIWKKI

2.22

-5.85

-3.63
30 YWPRVWRKI

2.04

-5.41

-3.37

 NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

NOTE: No more than 10 sequences can be selected for new calculations.

If your favourite sequence is not included in this list, please visit the ADAN section Prediction from a query sequence.

  Comments or questions on the site? Send a mail to adandatabase@umh.es                                                             DISCLAIMER